PDB-2abw: Glutaminase subunit of the plasmodial PLP synthase (Vitamin B6 bi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2abw

タイトル

Glutaminase subunit of the plasmodial PLP synthase (Vitamin B6 biosynthesis)

要素

Pdx2 protein

キーワード

TRANSFERASE / Glutaminase / PLP-synthase / Vitamin B6 / malaria

機能・相同性

機能・相同性情報

vitamin B6 biosynthetic process / pyridoxine metabolic process / glutaminase complex / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) activity / response to singlet oxygen / pyridoxal phosphate biosynthetic process / glutaminase / glutaminase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.62 Å

データ登録者

Gengenbacher, M. / Fitzpatrick, T.B. / Raschle, T. / Flicker, K. / Sinning, I. / Mueller, S. / Macheroux, P. / Tews, I. / Kappes, B.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Vitamin B6 Biosynthesis by the Malaria Parasite Plasmodium falciparum: Biochemical and structural insights
著者: Gengenbacher, M. / Fitzpatrick, T.B. / Raschle, T. / Flicker, K. / Sinning, I. / Mueller, S. / Macheroux, P. / Tews, I. / Kappes, B.

履歴

登録	2005年7月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2abw.cif.gz	115.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2abw.ent.gz	88.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2abw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2abw_validation.pdf.gz	452.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2abw_full_validation.pdf.gz	462.8 KB	表示
XML形式データ	2abw_validation.xml.gz	24.9 KB	表示
CIF形式データ	2abw_validation.cif.gz	37.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/2abw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/2abw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1r9gS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6kuo-d 4axr-d 6scd-2 4ekh-d 2bdh-4 6sdu-3 4gpg-d 6tyz-d 3dzp-d 6ij4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pdx2 protein

B: Pdx2 protein

ヘテロ分子

51.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pdx2 protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Pdx2 protein

登録者が定義した集合体
25.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.042, 67.917, 70.327
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.31, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1137- HOH

#1: タンパク質	Pdx2 protein / Glutaminase 分子量: 25660.330 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: Pdx2 / プラスミド: pET21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3)-RIL 参照: GenBank: 56797978, UniProt: Q8IIK4*PLUS, EC: 2.6.-.-
#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 469 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.5 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 30% PEG200, 5% PEG8000 buffered with 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid (MES), pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月28日
放射	モノクロメーター: ESRF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.62→25 Å / Num. all: 52687 / Num. obs: 52658 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 20 / Observed criterion σ(I): -4 / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.064 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 19.25
反射シェル	解像度: 1.62→1.63 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.466 / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / Num. measured obs: 1362 / Χ²: 1 / % possible all: 100

-
位相決定

Phasing MR

R_factor: 0.556 / Cor.coef. F_o:F_c: 0.236

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	24.9 Å
Translation	3 Å	24.9 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	1.7	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1R9G CHAIN A

1r9g

解像度: 1.62→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / WR_factor R_free: 0.222 / WR_factor R_work: 0.179 / SU B: 3.337 / SU ML: 0.058 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.09 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1892	2676	5.082 %
R_work	0.1515	-	-
all	0.153	-	-
obs	0.153	52656	99.941 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.129 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.214 Å²	0 Å²	-0.161 Å²
2-	-	0.309 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.536 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.62→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3483	0	13	469	3965

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.022	3760
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2511
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.962	1.947	5122
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.056	3	6188
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.943	5	466
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.325	24.483	174
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.705	15	647
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.78	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.127	0.2	587
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	4168
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	753
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.279	0.2	854
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.226	0.2	2786
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	1937
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	1982
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.228	0.2	373
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.223	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.234	0.2	95
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.262	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.029	1.5	3037
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.385	1.5	927
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.179	2	3765
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.024	2	3101
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.584	3	1814
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.333	3	2309
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.421	4.5	1349
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.258	4.5	3087

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.62-1.662	0.228	168	0.191	3715	3885	99.949
1.662-1.707	0.237	190	0.176	3544	3735	99.973
1.707-1.756	0.219	200	0.165	3493	3694	99.973
1.756-1.81	0.201	183	0.154	3379	3562	100
1.81-1.869	0.193	204	0.154	3231	3435	100
1.869-1.935	0.182	149	0.147	3193	3342	100
1.935-2.007	0.191	162	0.147	3069	3231	100
2.007-2.088	0.185	157	0.144	2948	3105	100
2.088-2.181	0.189	152	0.138	2806	2959	99.966
2.181-2.286	0.184	144	0.14	2729	2874	99.965
2.286-2.409	0.201	138	0.147	2585	2723	100
2.409-2.553	0.179	113	0.152	2440	2553	100
2.553-2.728	0.192	118	0.149	2312	2430	100
2.728-2.943	0.172	131	0.16	2151	2283	99.956
2.943-3.22	0.221	101	0.157	1948	2049	100
3.22-3.592	0.167	83	0.143	1820	1903	100
3.592-4.134	0.196	102	0.14	1581	1683	100
4.134-5.029	0.144	69	0.132	1372	1441	100
5.029-6.972	0.246	66	0.188	1058	1124	100
6.972-25	0.152	46	0.188	606	676	96.45

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7169	-0.151	0.0422	0.6621	0.1932	0.6584	-0.013	0.0299	0.0222	-0.0872	0.0218	-0.0122	-0.0543	0.062	-0.0088	-0.027	-0.0085	0.0142	-0.0208	0.0081	-0.0276	9.9846	67.6613	20.1696
2	0.4088	-0.0883	0.0454	1.384	-0.2666	0.4336	0.0052	0.0236	-0.0431	-0.0437	0.017	0.1029	0.0877	0.0347	-0.0222	-0.0217	0.0221	-0.0093	-0.0373	-0.0017	-0.0303	11.1822	36.1881	15.2946

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	2 - 221	2 - 221
2	2	B	B	2 - 227	2 - 227

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