PDB-2ab5: bI3 LAGLIDADG Maturase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ab5

タイトル

bI3 LAGLIDADG Maturase

要素

mRNA maturase

キーワード

PROTEIN BINDING / maturase / LAGLIDADG endonuclease / group I intron splicing / RNA binding

機能・相同性

機能・相同性情報

mitochondrial mRNA processing / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / Group I intron splicing / mRNA processing / endonuclease activity / electron transfer activity / oxidoreductase activity / mitochondrial inner membrane / mitochondrion / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Longo, A. / Leonard, C.W. / Bassi, G.S. / Berndt, D. / Krahn, J.M. / Hall, T.M. / Weeks, K.M.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Evolution from DNA to RNA recognition by the bI3 LAGLIDADG maturase
著者: Longo, A. / Leonard, C.W. / Bassi, G.S. / Berndt, D. / Krahn, J.M. / Hall, T.M. / Weeks, K.M.

履歴

登録	2005年7月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ab5.cif.gz	126.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ab5.ent.gz	98.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ab5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ab5_validation.pdf.gz	447.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ab5_full_validation.pdf.gz	455.8 KB	表示
XML形式データ	2ab5_validation.xml.gz	26.9 KB	表示
CIF形式データ	2ab5_validation.cif.gz	36.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/2ab5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/2ab5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2cfk-d 3kn4-d 2f57-d 3wa2-d 1avk-d 1av4-d 1w5z-d 1avl-d 1w6c-d 4is9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (5) #36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (5) #131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (1) #219 - 2018年3月液胞型ATPアーゼ (Vacuolar ATPase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: mRNA maturase

B: mRNA maturase

ヘテロ分子

66.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.600, 80.200, 66.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.50, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

The biological unit is a monomer. There are 2 biological units in the asymmetric unit.

#1: タンパク質	mRNA maturase 分子量: 32737.699 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal insertion of MGHHHHH / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: cytochrome b intron bi3 / プラスミド: pET19b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q36758, UniProt: Q9ZZW7*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.79 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: n-tetradecyl-beta-D-maltoside, PEG MME 5000, Ammonium sulfate, MES, pH 6.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 294K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
3	100	1
4	100	1

放射光源

由来	タイプ	ID	波長	波長 (Å)
回転陽極	RIGAKU RUH3R	1	1.5418	1.54
		2		0.9791, 0.9795, 0.9714
		4		1.54

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
RIGAKU RAXIS IV	1	IMAGE PLATE	2001年12月2日
Quantum 4	2	CCD
RIGAKU RAXIS IV	4	IMAGE PLATE

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	YALE MIRRORS	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2		MAD	M	x-ray	1
4		SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.5418	1
2	1.54	1
3	0.9791	1
4	0.9795	1
5	0.9714	1

Reflection

ID	数	R_merge(I) obs	Χ²	D res high (Å)	D res low (Å)	% possible obs
1	18426	0.106	1.377	2.6	50	98.9
2	17905	0.124	0.934	2.6	50	98.2
3	18442	0.101	1.139	2.6	50	99.2
4	14898	0.163	1.595	2.8	50	98.8

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared
5.6	50	97.8	1	0.066	2.592
4.45	5.6	99.5	1	0.061	1.8
3.88	4.45	99.5	1	0.065	1.47
3.53	3.88	99.8	1	0.083	1.35
3.28	3.53	99.5	1	0.11	1.244
3.08	3.28	99.6	1	0.162	1.179
2.93	3.08	99.1	1	0.2	1.148
2.8	2.93	99.3	1	0.262	1.072
2.69	2.8	99.1	1	0.333	1.016
2.6	2.69	96.3	1	0.531	0.967
5.6	50	98.2	2	0.055	0.934
4.45	5.6	99.7	2	0.059	0.813
3.88	4.45	99.6	2	0.082	0.881
3.53	3.88	99.8	2	0.091	0.942
3.28	3.53	99.6	2	0.138	1.036
3.08	3.28	99.7	2	0.204	1.007
2.93	3.08	99.3	2	0.275	0.997
2.8	2.93	99.4	2	0.478	0.959
2.69	2.8	98.4	2	0.406	0.868
2.6	2.69	87.6	2	0.487	0.886
5.6	50	98	3	0.057	1.406
4.45	5.6	99.5	3	0.059	1.06
3.88	4.45	99.7	3	0.071	1.188
3.53	3.88	99.9	3	0.078	1.183
3.28	3.53	99.6	3	0.111	1.289
3.08	3.28	99.8	3	0.16	1.15
2.93	3.08	99.2	3	0.211	1.119
2.8	2.93	99.6	3	0.264	1.017
2.69	2.8	99.2	3	0.346	1.001
2.6	2.69	97.7	3	0.426	0.974
6.03	50	95.9	4	0.096	2.039
4.79	6.03	99.9	4	0.115	2.13
4.18	4.79	99.9	4	0.123	1.953
3.8	4.18	99.8	4	0.149	1.707
3.53	3.8	99.8	4	0.159	1.29
3.32	3.53	99.9	4	0.213	1.456
3.15	3.32	99.7	4	0.272	1.281
3.02	3.15	99.9	4	0.336	1.27
2.9	3.02	99.7	4	0.364	1.423
2.8	2.9	93.7	4	0.423	1.27

反射

解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 30022 / Num. obs: 30022 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.082 / Χ²: 1.034 / Net I/σ(I): 11

反射シェル

解像度: 2.2→2.28 Å / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 2.51 % / R_merge(I) obs: 0.303 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. measured obs: 2858 / Χ²: 1.028 / % possible all: 94.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	1.7	データ抽出
MLPHARE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.2→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The MAD data was used for phasing and not for refinement

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.265	1440	4.7 %	RANDOM
R_work	0.208	-	-	-
all	0.211	29230	-	-
obs	0.211	29230	95.2 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: Flat Model / B_sol: 63.411 Å² / k_sol: 0.3715 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.39 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-10.715 Å²	0 Å²	-8.014 Å²
2-	-	4.82 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.896 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4294	0	40	248	4582

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.007373
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.31764

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param	protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	water_rep.param	dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION	3	ion.param	water.top
X-RAY DIFFRACTION	4		ion.top

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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