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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ab0 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of E. coli protein YajL (ThiJ) | ||||||
![]() | YajL | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / DJ-1/ThiJ superfamily / alpha-beta hydrolase fold | ||||||
機能・相同性 | ![]() protein repair / protein deglycase / protein deglycase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / ribosome biogenesis / cellular response to oxidative stress / protein refolding / response to heat / DNA repair ...protein repair / protein deglycase / protein deglycase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / ribosome biogenesis / cellular response to oxidative stress / protein refolding / response to heat / DNA repair / protein homodimerization activity / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wilson, M.A. / Ringe, D. / Petsko, G.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Atomic Resolution Crystal Structure of the YajL (ThiJ) Protein from Escherichia coli: A Close Prokaryotic Homologue of the Parkinsonism-associated Protein DJ-1. 著者: Wilson, M.A. / Ringe, D. / Petsko, G.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 180.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 144.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1p5fS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | the biological assembly is a dimer generated from chain A and chain B after application of the following operation to chain B: -x+1, y+1/2, -z-1/2 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21997.322 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG4000, Tris-HCl, magnesium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月23日 |
放射 | モノクロメーター: BENT Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.86 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.1→100 Å / Num. all: 136923 / Num. obs: 132051 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 9.23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 33.27 |
反射 シェル | 解像度: 1.1→1.14 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.741 / Mean I/σ(I) obs: 2.24 / Num. unique all: 13484 / % possible all: 92.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1P5F 解像度: 1.1→100 Å / Num. parameters: 31888 / Num. restraintsaints: 41370 / Isotropic thermal model: Babinet / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28(1995)53-56
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: BABINET | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 24 / Occupancy sum hydrogen: 2908.98 / Occupancy sum non hydrogen: 3342 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.1→100 Å
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拘束条件 |
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