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- PDB-2aal: Crystal Structures of the Wild-type, Mutant-P1A and Inactivated M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2aal
タイトルCrystal Structures of the Wild-type, Mutant-P1A and Inactivated Malonate Semialdehyde Decarboxylase: A Structural Basis for the Decarboxylase and Hydratase Activities
要素Malonate semialdehyde decarboxylase
キーワードLYASE / tautomerase superfamily / beta-alpha-beta / homotrimeric
機能・相同性Tautomerase, MSAD family / Tautomerase enzyme / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / MALONATE ION / Malonate semialdehyde decarboxylase
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas pavonaceae (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Almrud, J.J. / Poelarends, G.J. / Johnson Jr., W.H. / Serrano, H. / Hackert, M.L. / Whitman, C.P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Crystal Structures of the Wild-Type, P1A Mutant, and Inactivated Malonate Semialdehyde Decarboxylase: A Structural Basis for the Decarboxylase and Hydratase Activities
著者: Almrud, J.J. / Poelarends, G.J. / Johnson Jr., W.H. / Serrano, H. / Hackert, M.L. / Whitman, C.P.
履歴
登録2005年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年7月27日Group: Atomic model / Refinement description / Version format compliance
改定 1.42022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02024年3月27日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_biol / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ncs_dom_lim / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_alt_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id
改定 2.12024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Malonate semialdehyde decarboxylase
B: Malonate semialdehyde decarboxylase
C: Malonate semialdehyde decarboxylase
D: Malonate semialdehyde decarboxylase
E: Malonate semialdehyde decarboxylase
F: Malonate semialdehyde decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,69812
ポリマ－85,0866
非ポリマー6126
水17,222956
1
A: Malonate semialdehyde decarboxylase
B: Malonate semialdehyde decarboxylase
C: Malonate semialdehyde decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8496
ポリマ－42,5433
非ポリマー3063
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8870 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area14240 Å2
手法PISA
2
D: Malonate semialdehyde decarboxylase
E: Malonate semialdehyde decarboxylase
F: Malonate semialdehyde decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8496
ポリマ－42,5433
非ポリマー3063
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8910 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area14060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.889, 51.889, 219.083
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / Refine code: 1

Dom-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1VALVALAA1 - 1291 - 129
2GLYGLYBB1 - 1301 - 130
3VALVALCC1 - 1291 - 129
4VALVALDD1 - 1291 - 129
5VALVALEE1 - 1291 - 129
6VALVALFF1 - 1291 - 129

-
要素

#1: タンパク質
Malonate semialdehyde decarboxylase / E.C.4.1.1.-


分子量: 14180.961 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas pavonaceae (バクテリア)
株: 170 / 遺伝子: msaD / プラスミド: pET3a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9EV83
#2: 化合物
ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 956 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 61.5% (v/v) MPD, 100 mM Tris-Cl buffer (pH 7.5), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→72.55 Å / Num. all: 87168 / Num. obs: 86122 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 11.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Rsym value: 0.127 / Net I/σ(I): 3.5
反射 シェル解像度: 1.6→1.68 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.413 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 12281 / Rsym value: 0.316 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.1.24精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: wild-type MSAD

解像度: 1.65→72.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 2.751 / SU ML: 0.094 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.251 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23867 3904 5 %RANDOM
Rwork0.18366 ---
obs0.18641 74759 99.04 %-
all-74759 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.624 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→72.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5992 0 0 956 6948
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.030.0216282
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4851.9748517
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.3015803
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1540.2954
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.024832
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2410.23329
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2420.2898
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3760.2140
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3710.284
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9931.53920
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.49526285
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.05332362
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9984.52232
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.5126282
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free4.4732956
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded1.20926154
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 881 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Atight positional0.250.05
2Btight positional0.310.05
3Ctight positional0.250.05
4Dtight positional0.260.05
5Etight positional0.260.05
6Ftight positional0.180.05
1Atight thermal0.350.5
2Btight thermal0.360.5
3Ctight thermal0.350.5
4Dtight thermal0.340.5
5Etight thermal0.370.5
6Ftight thermal0.360.5
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.281 278
Rwork0.241 5451
obs-5729

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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