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- PDB-2aac: ESCHERCHIA COLI GENE REGULATORY PROTEIN ARAC COMPLEXED WITH D-FUCOSE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2aac
タイトルESCHERCHIA COLI GENE REGULATORY PROTEIN ARAC COMPLEXED WITH D-FUCOSE
要素ARAC
キーワードTRANSCRIPTION FACTOR / CARBOHYDRATE BINDING / COILED-COIL / JELLY ROLL
機能・相同性
機能・相同性情報


arabinose catabolic process / DNA-binding transcription repressor activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Regulatory protein AraC / Transcription regulator HTH-like / AraC-type arabinose-binding/dimerisation domain / AraC-like ligand binding domain / Transcription regulator HTH, AraC- type / HTH domain AraC-type, conserved site / Bacterial regulatory proteins, araC family signature. / Helix-turn-helix domain / DNA binding HTH domain, AraC-type / Bacterial regulatory proteins, araC family DNA-binding domain profile. ...Regulatory protein AraC / Transcription regulator HTH-like / AraC-type arabinose-binding/dimerisation domain / AraC-like ligand binding domain / Transcription regulator HTH, AraC- type / HTH domain AraC-type, conserved site / Bacterial regulatory proteins, araC family signature. / Helix-turn-helix domain / DNA binding HTH domain, AraC-type / Bacterial regulatory proteins, araC family DNA-binding domain profile. / helix_turn_helix, arabinose operon control protein / Homeobox-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / beta-D-fucopyranose / Arabinose operon regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / RIGID-BODY REFINEMENT, DIFFERENCE FOURIER MAPS / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Soisson, S.M. / Wolberger, C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: The 1.6 A crystal structure of the AraC sugar-binding and dimerization domain complexed with D-fucose.
著者: Soisson, S.M. / MacDougall-Shackleton, B. / Schleif, R. / Wolberger, C.
履歴
登録1996年10月31日処理サイト: BNL
改定 1.01997年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年8月9日Group: Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ARAC
B: ARAC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5436
ポリマ－41,0942
非ポリマー4484
水7,296405
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.247, 93.682, 49.915
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.57, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.191475, 0.4722, -0.860444), (0.516994, -0.696666, -0.497367), (-0.834299, -0.540078, -0.110731)
ベクター: 53.0876, 41.8669, 74.9226)

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要素

#1: タンパク質 ARAC


分子量: 20547.184 Da / 分子数: 2 / 断片: SUGAR-BINDING/DIMERIZATION / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ARAC / 遺伝子 (発現宿主): ARAC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A9E0
#2: 糖 ChemComp-FCB / beta-D-fucopyranose / beta-D-fucose / 6-deoxy-beta-D-galactopyranose / D-fucose / fucose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
DFucpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化pH: 5.5
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY MICROSEEDING FROM 24% PEG 4000, 100 MM SODIUM CITRATE PH 5.5 200 MM AMMONIUM ACETATE
結晶化
*PLUS
pH: 7.25 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: used to seeding, Soisson, S.M., (1997) Science, 276, 421.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
118 %PEG80001reservoir
2100 mMTris-HCl1reservoir
340 mMmagnesium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.689
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年9月1日 / 詳細: SPHERICAL RH COATED MIRROR
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR
単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.689 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 47363 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 12.31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 1.6→1.67 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.39 / % possible all: 99
反射
*PLUS
Num. obs: 57378 / Num. measured all: 293876 / Rmerge(I) obs: 0.09

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.8モデル構築
X-PLOR3.8精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.8位相決定
精密化構造決定の手法: RIGID-BODY REFINEMENT, DIFFERENCE FOURIER MAPS
開始モデル: PDB ENTRY 2ARC

2arc


解像度: 1.6→7 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.01 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 4112 10 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs0.176 46103 98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 12.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4819 Å20 Å20.3233 Å2
2--1.3664 Å20 Å2
3----0.8845 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.15 Å / Luzzati d res low obs: 30 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2617 0 30 405 3052
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.58
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.29
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.762.64
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.683.37
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.984.47
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.975.94
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.67 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 583 10 %
Rwork0.249 5111 -
obs--96 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2ACY.PARAMTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19.SOLFCB_ACY.TOP
X-RAY DIFFRACTION4PARAM3.CHO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.29

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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