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- PDB-2a8h: Crystal structure of catalytic domain of TACE with Thiomorpholine... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a8h
タイトルCrystal structure of catalytic domain of TACE with Thiomorpholine Sulfonamide Hydroxamate inhibitor
要素ADAM 17
キーワードHYDROLASE / TACE/ADAM-17 / TACE-inhibitor complex / Zn-endopeptidase
機能・相同性
機能・相同性情報


ADAM 17 endopeptidase / regulation of mast cell apoptotic process / signal release / metalloendopeptidase activity involved in amyloid precursor protein catabolic process / cellular response to high density lipoprotein particle stimulus / positive regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / Constitutive Signaling by NOTCH1 t(7;9)(NOTCH1:M1580_K2555) Translocation Mutant / interleukin-6 receptor binding / Notch receptor processing / tumor necrosis factor binding ...ADAM 17 endopeptidase / regulation of mast cell apoptotic process / signal release / metalloendopeptidase activity involved in amyloid precursor protein catabolic process / cellular response to high density lipoprotein particle stimulus / positive regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / Constitutive Signaling by NOTCH1 t(7;9)(NOTCH1:M1580_K2555) Translocation Mutant / interleukin-6 receptor binding / Notch receptor processing / tumor necrosis factor binding / positive regulation of T cell chemotaxis / TNF signaling / positive regulation of leukocyte chemotaxis / germinal center formation / Regulated proteolysis of p75NTR / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Release of Hh-Np from the secreting cell / commissural neuron axon guidance / neutrophil mediated immunity / wound healing, spreading of epidermal cells / Notch binding / negative regulation of cold-induced thermogenesis / CD163 mediating an anti-inflammatory response / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / Signaling by EGFR / cytokine binding / amyloid precursor protein catabolic process / Collagen degradation / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / Growth hormone receptor signaling / Nuclear signaling by ERBB4 / spleen development / positive regulation of chemokine production / Notch signaling pathway / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / B cell differentiation / cell motility / PDZ domain binding / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / metalloendopeptidase activity / protein processing / SH3 domain binding / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / metallopeptidase activity / positive regulation of tumor necrosis factor production / integrin binding / actin cytoskeleton / peptidase activity / T cell differentiation in thymus / positive regulation of cell growth / endopeptidase activity / response to lipopolysaccharide / response to hypoxia / cell adhesion / defense response to Gram-positive bacterium / positive regulation of cell migration / response to xenobiotic stimulus / membrane raft / apical plasma membrane / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / positive regulation of cell population proliferation / cell surface / proteolysis / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ADAM17, membrane-proximal domain / Membrane-proximal domain, switch, for ADAM17 / Metallo-peptidase family M12 / ADAM10/ADAM17 catalytic domain / : / Disintegrin / Disintegrin domain profile. / Homologues of snake disintegrins / Disintegrin domain / Disintegrin domain superfamily ...ADAM17, membrane-proximal domain / Membrane-proximal domain, switch, for ADAM17 / Metallo-peptidase family M12 / ADAM10/ADAM17 catalytic domain / : / Disintegrin / Disintegrin domain profile. / Homologues of snake disintegrins / Disintegrin domain / Disintegrin domain superfamily / Peptidase M12B, ADAM/reprolysin / ADAM type metalloprotease domain profile. / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4NH / Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 17
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Levin, J.I. / Chen, J.M. / Laakso, L.M. / Du, M. / Schmid, J. / Xu, W. / Cummons, T. / Xu, J. / Jin, G. / Barone, D. / Skotnicki, J.S.
引用
ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2006
タイトル: Acetylenic TACE inhibitors. Part 3: Thiomorpholine sulfonamide hydroxamates.
著者: Levin, J.I. / Chen, J.M. / Laakso, L.M. / Du, M. / Schmid, J. / Xu, W. / Cummons, T. / Xu, J. / Jin, G. / Barone, D. / Skotnicki, J.S.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Acetylenic TACE Inhibitors. Part 2. SAR of 6-Membered Cyclic Sulfonamide Hydroxamates.
著者: Cowling, R. / Barone, D. / Black, R.A. / Skotnicki, J.S.
履歴
登録2005年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADAM 17
B: ADAM 17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,3796
ポリマ－61,4212
非ポリマー9584
水2,648147
1
A: ADAM 17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1893
ポリマ－30,7101
非ポリマー4792
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ADAM 17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1893
ポリマ－30,7101
非ポリマー4792
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.367, 59.209, 198.011
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ADAM 17 / A disintegrin and metalloproteinase domain 17 / TNF-alpha converting enzyme / TNF-alpha convertase ...A disintegrin and metalloproteinase domain 17 / TNF-alpha converting enzyme / TNF-alpha convertase / Snake venom-like protease / CD156b antigen


分子量: 30710.342 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic domain / 変異: S266A, N452Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADAM17, CSVP, TACE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P78536, ADAM 17 endopeptidase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-4NH / 4-({4-[(4-AMINOBUT-2-YNYL)OXY]PHENYL}SULFONYL)-N-HYDROXY-2,2-DIMETHYLTHIOMORPHOLINE-3-CARBOXAMIDE


分子量: 413.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H23N3O5S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.5 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: PEG 4000, isopropanol, NaCitrate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年1月10日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 31848 / Num. obs: 31529 / % possible obs: 99.14 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.057
反射 シェル解像度: 2.299→2.358 Å / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BKC

1bkc


解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 5.111 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.385 / ESU R Free: 0.275 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28058 1313 5.1 %RANDOM
Rwork0.21454 ---
all0.2179 24841 --
obs0.21794 24593 99.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.205 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.79 Å20 Å20 Å2
2---0.7 Å20 Å2
3----1.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4094 0 56 147 4297
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0224250
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5231.9685747
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4195514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.57625.096208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.85515726
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2331516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1410.2592
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023268
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.22061
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.22902
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.2264
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1160.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1750.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3260.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8611.52653
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.38824115
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.79331847
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7594.51632
LS精密化 シェル解像度: 2.299→2.358 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 105 -
Rwork0.221 1689 -
obs-1794 96.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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