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万見
- PDB-2a7w: Crystal Structure of Phosphoribosyl-ATP Pyrophosphatase from Chro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a7w
タイトルCrystal Structure of Phosphoribosyl-ATP Pyrophosphatase from Chromobacterium violaceum (ATCC 12472). NESG TARGET CVR7
要素Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase
キーワードHYDROLASE / PHOSPHORIBOSYL-ATP PYROPHOSPHATASE / STRUCTURAL GENOMICS / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoribosyl-ATP diphosphatase / phosphoribosyl-ATP diphosphatase activity / L-histidine biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphoribosyl-ATP pyrophosphohydrolase / Phosphoribosyl-ATP pyrophosphohydrolase-like / Phosphoribosyl-ATP pyrophosphohydrolase / MazG-like / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Chromobacterium violaceum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Benach, J. / Forouhar, F. / Kuzin, A.P. / Abashidze, M. / Vorobiev, S.M. / Rong, X. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Phosphoribosyl-ATP Pyrophosphatase from Chromobacterium violaceum. NESG Target CVR7.
著者: Benach, J. / Forouhar, F. / Kuzin, A.P. / Abashidze, M. / Vorobiev, S.M. / Rong, X. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F.
履歴
登録2005年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase
B: Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase
C: Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase
D: Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase
E: Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase
F: Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase
G: Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase
H: Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase
I: Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase
J: Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase
K: Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase
L: Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,02412
ポリマ－161,02412
非ポリマー00
水6,107339
1
A: Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase
B: Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase
C: Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase
D: Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6754
ポリマ－53,6754
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10090 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area15680 Å2
手法PISA
2
E: Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase
F: Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase
G: Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase
H: Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6754
ポリマ－53,6754
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10080 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area15670 Å2
手法PISA
3
I: Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase
J: Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase
K: Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase
L: Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6754
ポリマ－53,6754
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10080 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area15690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.938, 67.544, 113.512
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.45, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase / PRA-PH


分子量: 13418.668 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chromobacterium violaceum (バクテリア)
遺伝子: hisE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7P0E6, phosphoribosyl-ATP diphosphatase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.575 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.29 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97908 / 波長: 0.97908,0.97933,0.96771
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月1日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979081
20.979331
30.967711
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 36861 / Num. obs: 36861 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.07 % / Biso Wilson estimate: 133.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 17.63
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.382 / Mean I/σ(I) obs: 2.53 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→29.31 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1612598.64 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2799 1800 5 %RANDOM
Rwork0.2582 ---
obs0.2582 35928 97.5 %-
all-35928 --
溶媒の処理Bsol: 19.4752 Å2 / ksol: 0.275387 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 56.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.93 Å20 Å23.6 Å2
2---2.45 Å20 Å2
3---12.38 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.57 Å0.48 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.65 Å0.47 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8736 0 0 339 9075
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.141.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.782
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.282
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.492.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.407 293 4.9 %
Rwork0.355 5662 -
obs--98 %
Xplor fileSerial no: 1 / Topol file: PROTEIN.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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