[日本語] English
万見
- PDB-1yxb: Crystal structure of Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase from Stre... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yxb
タイトルCrystal structure of Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase from Streptomyces coelicolor. NESG target RR8.
要素Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase
キーワードHYDROLASE / Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoribosyl-ATP diphosphatase / phosphoribosyl-ATP diphosphatase activity / L-histidine biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphoribosyl-ATP pyrophosphohydrolase / Phosphoribosyl-ATP pyrophosphohydrolase-like / Phosphoribosyl-ATP pyrophosphohydrolase / MazG-like / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Benach, J. / Kuzin, A.P. / Forouhar, F. / Abashidze, M. / Vorobiev, S.M. / Rong, X. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase from Streptomyces coelicolor. NESG target RR8.
著者: Benach, J. / Kuzin, A.P. / Forouhar, F. / Abashidze, M. / Vorobiev, S.M. / Rong, X. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F.
履歴
登録2005年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase
B: Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase
C: Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase
D: Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase
E: Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase
F: Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase
G: Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase
H: Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,5288
ポリマ－89,5288
非ポリマー00
水4,234235
1
A: Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase
B: Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase
C: Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase
D: Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7644
ポリマ－44,7644
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10260 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area15230 Å2
手法PISA
2
E: Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase
F: Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase
G: Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase
H: Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7644
ポリマ－44,7644
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10250 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area15250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.904, 62.361, 76.620
Angle α, β, γ (deg.)79.21, 82.13, 75.42
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細the a.u. contains two biological assemblies. tetramer A,B,C,D and tetramer E,F,G,H

-
要素

#1: タンパク質
Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase / PRA-PH


分子量: 11190.965 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
遺伝子: hisE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / キーワード: Phosphoribosyl-ATP pyrophosphatase / 参照: UniProt: Q9EWK0, phosphoribosyl-ATP diphosphatase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.34 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97944 / 波長: 0.97944 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月1日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97944 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 21879 / Num. obs: 21879 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 50.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.336 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→19.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 812830.79 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.295 1138 5.2 %RANDOM
Rwork0.25 ---
obs0.25 21879 90.5 %-
all-21879 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.5663 Å2 / ksol: 0.24139 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 72.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.1 Å21.21 Å2-6.94 Å2
2---0.83 Å2-14.32 Å2
3----9.27 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5248 0 0 235 5483
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.21
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.371.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.12
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.732
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.792.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 148 5 %
Rwork0.296 2802 -
obs--73.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2PS_PARAM.PRO
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19.SOL

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る