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万見
- PDB-2a7t: Crystal Structure of a novel neurotoxin from Buthus tamalus at 2.... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a7t
タイトルCrystal Structure of a novel neurotoxin from Buthus tamalus at 2.2A resolution.
要素Neurotoxin
キーワードTOXIN / NOVEL / NEUROTOXIN / RED SCORPION
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium channel inhibitor activity / defense response / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Scorpion long chain toxin / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain profile. / Scorpion long chain toxin/defensin / Scorpion toxin-like domain / Knottins / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like ...Scorpion long chain toxin / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain profile. / Scorpion long chain toxin/defensin / Scorpion toxin-like domain / Knottins / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mesobuthus tamulus (サソリ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Ethayathulla, A.S. / Sharma, M. / Saravanan, K. / Sharma, S. / Kaur, P. / Yadav, S. / Srinivasan, A. / Singh, T.P.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of a highly acidic neurotoxin from scorpion Buthus tamulus at 2.2A resolution reveals novel structural features.
著者: Sharma, M. / Ethayathulla, A.S. / Jabeen, T. / Singh, N. / Sarvanan, K. / Yadav, S. / Sharma, S. / Srinivasan, A. / Singh, T.P.
履歴
登録2005年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neurotoxin
B: Neurotoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0942
ポリマ－14,0942
非ポリマー00
水2,108117
1
A: Neurotoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0471
ポリマ－7,0471
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Neurotoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0471
ポリマ－7,0471
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.871, 21.001, 52.451
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.45, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Neurotoxin


分子量: 7046.870 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: VENOM / 由来: (天然) Mesobuthus tamulus (サソリ) / 株: RED SCORPION / 参照: UniProt: P60277
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: PROTEIN CONCENTRATION 7.5mg/ml, BUFFER TRIS-HCl 25 mM, PERCIPITANT 82% MPD, ADDITIVE 0.001 CaCl2, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年6月8日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→15 Å / Num. all: 5462 / Num. obs: 5286 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 15 Å2 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.186 / % possible all: 63

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→14.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Data cutoff high absF: 645623.55 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 120 2.3 %RANDOM
Rwork0.205 ---
all0.206 5286 --
obs0.205 5166 88 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 300 Å2 / ksol: 1.23102 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 14.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.01 Å20 Å2-0.42 Å2
2--3 Å20 Å2
3----0.99 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.26 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→14.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数980 0 0 117 1097
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.02
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.541.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.672
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.572
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.012.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.049 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.191 15 2.5 %
Rwork0.27 580 -
obs--63 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3water.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4carbohydrate.paramcarbohydrate.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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