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- PDB-2a6m: Crystal Structure of the ISHp608 Transposase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a6m
タイトルCrystal Structure of the ISHp608 Transposase
要素ISHp608 transposase
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / RNA Recognition Motif / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


transposase activity / DNA transposition / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Transposase IS200 like / Transposase IS200-like / Transposase IS200-like / Transposase IS200-like superfamily / Transposase IS200 like / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Ronning, D.R. / Guynet, C. / Ton-Hoang, B. / Perez, Z.N. / Ghirlando, R. / Chandler, M. / Dyda, F.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2005
タイトル: Active site sharing and subterminal hairpin recognition in a new class of DNA transposases.
著者: Ronning, D.R. / Guynet, C. / Ton-Hoang, B. / Perez, Z.N. / Ghirlando, R. / Chandler, M. / Dyda, F.
履歴
登録2005年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ISHp608 transposase
B: ISHp608 transposase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2122
ポリマ－36,2122
非ポリマー00
水1,13563
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3550 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area14730 Å2
手法PISA
2
A: ISHp608 transposase
B: ISHp608 transposase

A: ISHp608 transposase
B: ISHp608 transposase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,4254
ポリマ－72,4254
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area11670 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area24890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.520, 50.976, 52.921
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.45, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biologically relevant molecule is the dimer in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 ISHp608 transposase


分子量: 18106.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / プラスミド: pDR32B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q933Z0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 3350, Sodium Thiocyanate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1951
21
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU RU20011.54178
シンクロトロンAPS 22-ID20.9796, 0.9794, 0.9687
検出器
タイプID検出器日付詳細
RIGAKU RAXIS IV1IMAGE PLATE2004年6月24日mirrors
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2004年3月15日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1mirrorsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2mirrorsMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.541781
20.97961
30.97941
40.96871
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 12555 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 28.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→22.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 1105901.61 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 562 4.6 %RANDOM
Rwork0.254 ---
obs0.254 12250 96.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 33.6966 Å2 / ksol: 0.297548 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 55.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.2 Å20 Å25.55 Å2
2--20.53 Å20 Å2
3----8.32 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→22.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2295 0 0 63 2358
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.91
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.561.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.672
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.092
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.722.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.394 98 5 %
Rwork0.312 1871 -
obs--94.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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