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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2a6m | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the ISHp608 Transposase | ||||||
![]() | ISHp608 transposase | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION/DNA / RNA Recognition Motif / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ronning, D.R. / Guynet, C. / Ton-Hoang, B. / Perez, Z.N. / Ghirlando, R. / Chandler, M. / Dyda, F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Active site sharing and subterminal hairpin recognition in a new class of DNA transposases. 著者: Ronning, D.R. / Guynet, C. / Ton-Hoang, B. / Perez, Z.N. / Ghirlando, R. / Chandler, M. / Dyda, F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 69.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 52.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 373.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 391.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biologically relevant molecule is the dimer in the asymmetric unit. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18106.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.96 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 3350, Sodium Thiocyanate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 12555 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 28.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 33.6966 Å2 / ksol: 0.297548 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 55.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→22.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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