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- PDB-2a6a: Crystal structure of Glycoprotein endopeptidase (tm0874) from THE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a6a
タイトルCrystal structure of Glycoprotein endopeptidase (tm0874) from THERMOTOGA MARITIMA at 2.50 A resolution
要素hypothetical protein TM0874
キーワードHYDROLASE / tm0874 / Glycoprotein endopeptidase / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nucleotidyltransferase; domain 5 - #200 / tRNA threonylcarbamoyl adenosine modification protein TsaB / Gcp-like domain / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / : / tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: Structure of an essential bacterial protein YeaZ (TM0874) from Thermotoga maritima at 2.5 A resolution.
著者: Xu, Q. / McMullan, D. / Jaroszewski, L. / Krishna, S.S. / Elsliger, M.A. / Yeh, A.P. / Abdubek, P. / Astakhova, T. / Axelrod, H.L. / Carlton, D. / Chiu, H.J. / Clayton, T. / Duan, L. / ...著者: Xu, Q. / McMullan, D. / Jaroszewski, L. / Krishna, S.S. / Elsliger, M.A. / Yeh, A.P. / Abdubek, P. / Astakhova, T. / Axelrod, H.L. / Carlton, D. / Chiu, H.J. / Clayton, T. / Duan, L. / Feuerhelm, J. / Grant, J. / Han, G.W. / Jin, K.K. / Klock, H.E. / Knuth, M.W. / Miller, M.D. / Morse, A.T. / Nigoghossian, E. / Okach, L. / Oommachen, S. / Paulsen, J. / Reyes, R. / Rife, C.L. / van den Bedem, H. / Hodgson, K.O. / Wooley, J. / Deacon, A.M. / Godzik, A. / Lesley, S.A. / Wilson, I.A.
履歴
登録2005年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). THE BIOLOGICAL UNIT IS A TETRAMER WITH 222 POINT SYMMETRY, FORMED BY CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY, AS ADJUDGED BY EXTENSIVE HYDROPHOBIC CONTACTS BETWEEN THESE UNITS.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein TM0874
B: hypothetical protein TM0874


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2464
ポリマ－49,2462
非ポリマー02
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3170 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area16950 Å2
手法PISA
2
A: hypothetical protein TM0874
B: hypothetical protein TM0874

A: hypothetical protein TM0874
B: hypothetical protein TM0874


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,4938
ポリマ－98,4934
非ポリマー04
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x+1/2,-y+1/2,z1
Buried area8190 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area32040 Å2
手法PISA
3
A: hypothetical protein TM0874
B: hypothetical protein TM0874

A: hypothetical protein TM0874
B: hypothetical protein TM0874


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,4938
ポリマ－98,4934
非ポリマー04
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
Buried area7530 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area32700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.272, 217.112, 51.953
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MSE / Beg label comp-ID: MSE / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: 1 - 187 / Label seq-ID: 13 - 199

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細THE BIOLOGICAL UNIT IS A TETRAMER WITH 222 POINT SYMMETRY, FORMED BY CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY, AS ADJUDGED BY EXTENSIVE HYDROPHOBIC CONTACTS BETWEEN THESE UNITS.

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要素

#1: タンパク質 hypothetical protein TM0874 / Glycoprotein endopeptidase


分子量: 24623.162 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: MSB8 / 遺伝子: tm0874 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: GenBank: 15643636, UniProt: Q9WZX7*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.87 %
結晶化温度: 273 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 4
詳細: 10.0% MPD, 0.1M Citrate pH 4.0, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 273K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.979413, 0.918370
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月3日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9794131
20.918371
反射解像度: 2.5→29.24 Å / Num. obs: 18685 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsRsym value
2.5-2.6499.93.70.4691.627030.469
2.64-2.899.83.70.3292.325330.329
2.8-2.9999.63.70.2053.723730.205
2.99-3.231003.60.126622780.126
3.23-3.541003.60.06810.920480.068
3.54-3.9599.93.60.0421619030.042
3.95-4.561003.50.03715.916700.037
4.56-5.5999.73.50.03118.814430.031
5.59-7.9199.63.40.0232511220.023
7.91-29.249330.01834.46120.018

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT1.601データ抽出
XDSデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→29.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 18.431 / SU ML: 0.186 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.333 / ESU R Free: 0.242
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 955 5.1 %RANDOM
Rwork0.191 ---
all0.193 ---
obs-17730 99.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.618 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.52 Å20 Å20 Å2
2---1.12 Å20 Å2
3---5.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2860 0 7 22 2889
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0222909
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022806
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6882.0043955
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85236482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1095379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.51224.118102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.7415497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7751515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2480
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023195
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02532
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.2589
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1820.22741
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1870.21432
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.21886
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.210.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1620.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.160.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4660.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1731950
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.493773
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.35253064
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.66481075
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.84611891
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2742 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

RmsタイプWeight
0.52LOOSE POSITIONAL5
2.4LOOSE THERMAL10
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.588 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.375 84 -
Rwork0.267 1738 -
obs--99.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.37710.09820.49134.561-1.0341.9567-0.1288-0.34950.45710.34360.0587-0.0228-0.2842-0.1120.0702-0.07260.0733-0.038-0.04260.0488-0.073214.240988.22029.5434
23.1286-0.12050.87472.58670.68272.951-0.117-0.1632-0.15320.11520.0225-0.0057-0.1090.00490.0945-0.06890.0115-0.0208-0.1640.0588-0.315829.885968.866312.5753
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: all

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA1 - 19313 - 205
22BB0 - 18712 - 199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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