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万見
- PDB-2a5i: Crystal structures of SARS coronavirus main peptidase inhibited b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a5i
タイトルCrystal structures of SARS coronavirus main peptidase inhibited by an aza-peptide epoxide in the space group C2
要素3C-like peptidase
キーワードHYDROLASE / cysteine peptidase / 3C-like / N-finger / chymotrypsin-like fold / long loop / alpha-helical domain / dimer / catalytic dyad / specificity pockets / aza-peptide epoxide / substrate-like inhibitor / C-S covalent bond / epoxide stereochemistry
機能・相同性
機能・相同性情報


viral RNA-directed RNA polymerase complex / viral replication complex formation and maintenance / exoribonuclease complex / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction => GO:0039527 / : / : / : / cytoplasmic viral factory / positive regulation of ubiquitin-specific protease activity / symbiont-mediated suppression of host translation ...viral RNA-directed RNA polymerase complex / viral replication complex formation and maintenance / exoribonuclease complex / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction => GO:0039527 / : / : / : / cytoplasmic viral factory / positive regulation of ubiquitin-specific protease activity / symbiont-mediated suppression of host translation / : / : / endopeptidase complex / endoribonuclease complex / mRNA capping enzyme complex / positive stranded viral RNA replication / positive regulation of RNA biosynthetic process / Assembly of the SARS-CoV-1 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / protein K48-linked deubiquitination / Transcription of SARS-CoV-1 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / K48-linked deubiquitinase activity / protein K63-linked deubiquitination / host cell endoplasmic reticulum / K63-linked deubiquitinase activity / RNA-templated transcription / viral transcription / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / protein autoprocessing / 7-methylguanosine mRNA capping / membrane => GO:0016020 / positive regulation of viral genome replication / DNA helicase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / helicase activity / protein processing / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / double-stranded RNA binding / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / ISG15-specific peptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 3'-5'-RNA exonuclease activity / 5'-3' DNA helicase activity / SARS coronavirus main proteinase / host cell endosome / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / G-quadruplex RNA binding / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / omega peptidase activity / endonuclease activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / host cell Golgi apparatus / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / DNA helicase / methyltransferase cap1 activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / cysteine-type deubiquitinase activity / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / protein dimerization activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / regulation of autophagy / viral protein processing / lyase activity / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / proteolysis / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Non-structural protein 3, SUD-N macrodomain, SARS-CoV / Viral superfamily 1 RNA helicase core domain / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus ...Non-structural protein 3, SUD-N macrodomain, SARS-CoV / Viral superfamily 1 RNA helicase core domain / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / : / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / : / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / : / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / : / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Peptidase family C16 domain profile. / : / : / Coronavirus replicase NSP7
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AZP / Replicase polyprotein 1ab / Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種SARS coronavirus (SARS コロナウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Lee, T.-W. / Cherney, M.M. / Huitema, C. / Liu, J. / James, K.E. / Powers, J.C. / Eltis, L.D. / James, M.N.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Crystal Structures of the Main Peptidase from the SARS Coronavirus Inhibited by a Substrate-like Aza-peptide Epoxide
著者: Lee, T.-W. / Cherney, M.M. / Huitema, C. / Liu, J. / James, K.E. / Powers, J.C. / Eltis, L.D. / James, M.N.
履歴
登録2005年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 600HETEROGEN BEFORE BINDING TO THE PEPTIDASE, CBM, CBO AND OBN FORM AN EPOXIDE RING IN AZP. UPON ...HETEROGEN BEFORE BINDING TO THE PEPTIDASE, CBM, CBO AND OBN FORM AN EPOXIDE RING IN AZP. UPON BINDING TO THE PEPTIDASE, CYS145 SG NUCLEOPHILLICALLY ATTACKS CBM, RESULTING IN THE OPENING OF THE RING AND THE INVERSION OF THE CONFIGURATIONS OF CBM AND CBO.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3C-like peptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6734
ポリマ－33,8771
非ポリマー7963
水4,612256
1
A: 3C-like peptidase
ヘテロ分子

A: 3C-like peptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,3458
ポリマ－67,7532
非ポリマー1,5926
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area4690 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area26250 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)106.703, 83.677, 52.862
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.65, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The protease is a homodimer. Each asymmetric unit contains only one protomer. The other protomer of the dimer is generated from the protomer in the asymmetric unit by the operation -x, y, -z.

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要素

#1: タンパク質 3C-like peptidase / 3CL-PRO / 3CLp / NSP2


分子量: 33876.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SARS coronavirus (SARS コロナウイルス)
属: Coronavirus / 株: SARS / プラスミド: PT7HSP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): GJ1158
参照: UniProt: P59641, UniProt: P0C6X7*PLUS, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-AZP / (5S,8S,14R)-ETHYL 11-(3-AMINO-3-OXOPROPYL)-8-BENZYL-14-HYDROXY-5-ISOBUTYL-3,6,9,12-TETRAOXO-1-PHENYL-2-OXA-4,7,10,11-TETRAAZAPENTADECAN-15-OATE


分子量: 641.712 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H43N5O9
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.31 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: ammonium acetate, PEG 10000, ethylene glycol, dimethyl sulfoxide, dithiothreitol, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115869 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.115869 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→50 Å / Num. obs: 35576 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.88→1.95 Å / % possible all: 90

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2A5A

2a5a


解像度: 1.88→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 8.384 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: The low reolution limit for data collection and processing was 50 A. For refinement, `less' low resolution data and the low resolution limit was set upwards to 40 A. But there is actually no ...詳細: The low reolution limit for data collection and processing was 50 A. For refinement, `less' low resolution data and the low resolution limit was set upwards to 40 A. But there is actually no data in the resolution range 50 - 32.3 A.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24224 1710 5 %RANDOM
Rwork0.19813 ---
obs0.20034 32587 94.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.973 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.42 Å20 Å21.19 Å2
2--3.69 Å20 Å2
3----0.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2371 0 56 256 2683
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0222554
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3421.9693465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6155313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.25924.248113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.8315421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9071513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1920.2392
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0180.021934
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.30.351304
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.340.351766
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2610.35347
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3080.3556
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3290.3523
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.91921590
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.68132528
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.00221084
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6243937
LS精密化 シェル解像度: 1.88→1.929 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 115 -
Rwork0.28 2224 -
obs--87.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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