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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2a5c | ||||||
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タイトル | Structure of Avidin in complex with the ligand 8-oxodeoxyadenosine | ||||||
![]() | Avidin | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / avidin / damaged DNA / 8-oxodeoxyadenosine | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Conners, R. / Hooley, E. / Thomas, S. / Brady, R.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Recognition of oxidatively modified bases within the biotin-binding site of avidin. 著者: Conners, R. / Hooley, E. / Clarke, A.R. / Thomas, S. / Brady, R.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 64.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 46.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1 / Refine code: 1
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13705.362 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: egg white / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 糖 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.7 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M ammonium sulphate, 0.1M Na Cacodylate pH6.5, 30% w/v PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月9日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→52.7 Å / Num. all: 8807 / Num. obs: 8538 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 39.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rsym value: 0.102 / Χ2: 1.088 / Net I/σ(I): 18.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. measured obs: 822 / Num. unique all: 822 / Rsym value: 0.71 / Χ2: 0.856 / % possible all: 95.9 |
-位相決定
Phasing MR |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1ij8 解像度: 2.5→52.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.846 / SU B: 10.776 / SU ML: 0.247 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R: 3.114 / ESU R Free: 0.393 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.447 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→52.7 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 806 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
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