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- PDB-2a5c: Structure of Avidin in complex with the ligand 8-oxodeoxyadenosine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a5c
タイトルStructure of Avidin in complex with the ligand 8-oxodeoxyadenosine
要素Avidin
キーワードUNKNOWN FUNCTION / avidin / damaged DNA / 8-oxodeoxyadenosine
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin binding / antibacterial humoral response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin ...Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
8-OXODEOXYADENOSINE / Avidin
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Conners, R. / Hooley, E. / Thomas, S. / Brady, R.L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Recognition of oxidatively modified bases within the biotin-binding site of avidin.
著者: Conners, R. / Hooley, E. / Clarke, A.R. / Thomas, S. / Brady, R.L.
履歴
登録2005年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年8月23日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 1.62024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Avidin
B: Avidin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3926
ポリマ－27,4112
非ポリマー9814
水46826
1
A: Avidin
B: Avidin
ヘテロ分子

A: Avidin
B: Avidin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,78312
ポリマ－54,8214
非ポリマー1,9628
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area13380 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area21530 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)70.584, 79.052, 42.997
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B
51A
61B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11CYSCYSTYRTYRAA4 - 334 - 33
21CYSCYSTYRTYRBB4 - 334 - 33
32LYSLYSPHEPHEAA45 - 8445 - 84
42LYSLYSPHEPHEBB45 - 8445 - 84
53GLUGLULEULEUAA91 - 12391 - 123
63GLUGLULEULEUBB91 - 12391 - 123

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要素

#1: タンパク質 Avidin


分子量: 13705.362 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: egg white / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P02701
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-8DA / 8-OXODEOXYADENOSINE


分子量: 269.257 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.7 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M ammonium sulphate, 0.1M Na Cacodylate pH6.5, 30% w/v PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.9795 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月9日
放射モノクロメーター: Si 111 monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→52.7 Å / Num. all: 8807 / Num. obs: 8538 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 39.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rsym value: 0.102 / Χ2: 1.088 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. measured obs: 822 / Num. unique all: 822 / Rsym value: 0.71 / Χ2: 0.856 / % possible all: 95.9

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位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Translation2.5 Å39.526 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1ij8

1ij8


解像度: 2.5→52.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.846 / SU B: 10.776 / SU ML: 0.247 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R: 3.114 / ESU R Free: 0.393 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.308 400 4.7 %RANDOM
Rwork0.221 ---
all0.225 8538 --
obs0.225 8515 96.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.447 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2 Å20 Å20 Å2
2---0.4 Å20 Å2
3----1.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→52.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1924 0 66 26 2016
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222031
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.171.9572761
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.675246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.70823.64785
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.79415334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.4681514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1450.2321
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021494
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.2842
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3150.21347
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.281
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2530.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1830.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0541.51237
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.79321970
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9693931
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3264.5790
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 806 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

RmsタイプWeight
0.08TIGHT POSITIONAL0.05
0.21TIGHT THERMAL0.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.449 23 -
Rwork0.317 579 -
all-602 -
obs-579 95.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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