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- PDB-2a3r: Crystal Structure of Human Sulfotransferase SULT1A3 in Complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a3r
タイトルCrystal Structure of Human Sulfotransferase SULT1A3 in Complex with Dopamine and 3-Phosphoadenosine 5-Phosphate
要素Monoamine-sulfating phenol sulfotransferase
キーワードTRANSFERASE / SULT1A3 / dopamine / complex / sulfotransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / amine sulfotransferase activity / aryl sulfotransferase / epinephrine metabolic process / aryl sulfotransferase activity / Cytosolic sulfonation of small molecules / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate metabolic process / thyroid hormone metabolic process / flavonoid metabolic process / sulfation ...: / amine sulfotransferase activity / aryl sulfotransferase / epinephrine metabolic process / aryl sulfotransferase activity / Cytosolic sulfonation of small molecules / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate metabolic process / thyroid hormone metabolic process / flavonoid metabolic process / sulfation / sulfotransferase activity / ethanol catabolic process / sulfate binding / XBP1(S) activates chaperone genes / dopamine catabolic process / serotonin metabolic process / norepinephrine metabolic process / cellular response to dopamine / Paracetamol ADME / NMDA selective glutamate receptor signaling pathway / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / steroid metabolic process / dopamine metabolic process / calcineurin-mediated signaling / ERK1 and ERK2 cascade / xenobiotic metabolic process / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sulfotransferase domain / Sulfotransferase domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / L-DOPAMINE / Sulfotransferase 1A3 / Sulfotransferase 1A3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Lu, J.H. / Li, H.T. / Liu, M.C. / Zhang, J.P. / Li, M. / An, X.M. / Chang, W.R.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of human sulfotransferase SULT1A3 in complex with dopamine and 3'-phosphoadenosine 5'-phosphate
著者: Lu, J.H. / Li, H.T. / Liu, M.C. / Zhang, J.P. / Li, M. / An, X.M. / Chang, W.R.
履歴
登録2005年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Monoamine-sulfating phenol sulfotransferase
B: Monoamine-sulfating phenol sulfotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,6356
ポリマ－68,4742
非ポリマー1,1614
水1,62190
1
A: Monoamine-sulfating phenol sulfotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8183
ポリマ－34,2371
非ポリマー5802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Monoamine-sulfating phenol sulfotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8183
ポリマ－34,2371
非ポリマー5802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.263, 123.610, 73.116
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Monoamine-sulfating phenol sulfotransferase / SULT1A3 / Aryl sulfotransferase 1A3 / Sulfotransferase / monoamine-preferring / M-PST / ...SULT1A3 / Aryl sulfotransferase 1A3 / Sulfotransferase / monoamine-preferring / M-PST / Thermolabile phenol sulfotransferase / TL-PST / Placental estrogen sulfotransferase / Catecholamine-sulfating phenol sulfotransferase / HAST3


分子量: 34237.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX-2TK / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P50224, UniProt: P0DMM9*PLUS, aryl sulfotransferase
#2: 化合物 ChemComp-A3P / ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / アデノシン3′,5′-ビスりん酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2
#3: 化合物 ChemComp-LDP / L-DOPAMINE / DOPAMINE / 2-(4-ヒドロキシ-5-オキシラトフェニル)-1-エタンアミニウム


分子量: 153.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H11NO2 / コメント: 薬剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: PEG 4000, MES, Calcium Acetate, PAP, Dopamine, BAM, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL12B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月18日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→25 Å / Num. all: 21854 / Num. obs: 21767 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.99 % / Biso Wilson estimate: 37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.115
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1LS6

1ls6


解像度: 2.6→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.243 1669 Random
Rwork0.206 --
all0.238 22710 -
obs0.238 20986 -
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.46 Å0.39 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4698 0 76 90 4864
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.57
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.77
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.6-2.690.3361100.284125756.2
2.69-2.80.3121570.268204692.5
2.8-2.930.3031720.252210492.8
2.93-3.080.3411620.262212195.4
3.08-3.270.3241920.253213795.2
3.27-3.520.2521800.218219197.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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