PDB-2a2t: crystal structure of d(AAATATTT)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2a2t

タイトル

crystal structure of d(AAATATTT)

要素

5'-D(*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*T)-3'

キーワード

DNA / AT / MN / CACODYLATE / HASO

機能・相同性

CACODYLATE ION / : / DNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Valls, N. / Richter, M. / Subirana, J.A.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Structure of a DNA duplex with all-AT base pairs.
著者: Valls, N. / Richter, M. / Subirana, J.A.

履歴

登録	2005年6月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年11月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2a2t.cif.gz	56.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2a2t.ent.gz	41.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2a2t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2a2t_validation.pdf.gz	416.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2a2t_full_validation.pdf.gz	422 KB	表示
XML形式データ	2a2t_validation.xml.gz	3.8 KB	表示
CIF形式データ	2a2t_validation.cif.gz	5.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/2a2t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/2a2t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1k1h-d 2m8y-d 1g7z-d 4ocd-2 1dk9-d 3szs-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#23 - 2001年11月
DNA (DNA)
類似性 (1)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (1)
#133 - 2011年1月
一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase)
類似性 (1)
#203 - 2016年11月
アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy)
類似性 (1)
#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (1)
#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: 5'-D(*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*T)-3'

G: 5'-D(*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*T)-3'

B: 5'-D(*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*T)-3'

H: 5'-D(*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*T)-3'

C: 5'-D(*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*T)-3'

I: 5'-D(*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*T)-3'

D: 5'-D(*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*T)-3'

J: 5'-D(*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*T)-3'

E: 5'-D(*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*T)-3'

K: 5'-D(*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*T)-3'

F: 5'-D(*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*T)-3'

ヘテロ分子

27.8 kDa, 11 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 5'-D(*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*T)-3'

G: 5'-D(*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*T)-3'

登録者が定義した集合体
4.85 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 5'-D(*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*T)-3'

H: 5'-D(*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*T)-3'

登録者が定義した集合体
4.85 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: 5'-D(*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*T)-3'

I: 5'-D(*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*T)-3'

登録者が定義した集合体
4.85 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: 5'-D(*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*T)-3'

J: 5'-D(*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*T)-3'

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
4.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: 5'-D(*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*T)-3'

K: 5'-D(*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*T)-3'

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
5.95 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

F: 5'-D(*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*T)-3'

登録者が定義した集合体
4.85 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	147.623, 24.985, 82.139
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.51, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: DNA鎖	5'-D(APAPAPTPAPTPTPT)-3' 分子量: 2424.641 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン分子量: 136.989 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆AsO₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.54 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MPD, manganes chloride, spermine, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	MPD	1	1
2	manganes chloride	1	1
3	spermine	1	1
4	cacodylate	1	1
5	HOH	1	1
6	MPD	1	2
7	manganes chloride	1	2
8	cacodylate	1	2
9	HOH	1	2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 0.979433 Å
検出器	検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979433 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→15 Å / Num. obs: 5712 / R_sym value: 0.063
反射シェル	解像度: 3.1→3.21 Å / R_sym value: 0.184

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0016	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.1→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.889 / SU B: 47.705 / SU ML: 0.441 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.653 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.35737	269	4.7 %	RANDOM
R_work	0.27216	-	-	-
obs	0.27587	5435	99.36 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.126 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.44 Å²	0 Å²	7.5 Å²
2-	-	1.94 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	1771	36	16	1823

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.021	2004
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.65	3	3072
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	347
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	924
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.186	0.2	801
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	1120
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.182	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.203	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.137	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.584	3	2840
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.021	4.5	3072

LS精密化シェル

解像度: 3.1→3.177 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.491	21	-
R_work	0.361	373	-
obs	-	-	97.28 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8027	-0.5941	-4.7059	0.1958	1.5508	12.2849	0.047	0.127	0.0621	-0.0612	0.5128	-0.0677	-0.6451	-0.0693	-0.5598	0.0104	-0.0042	0.0152	0.0478	0.0182	0.0293	26.9401	0.3254	38.6891
2	7.206	1.9926	-4.7373	0.5861	-1.7564	8.7936	0.3366	0.6661	0.2355	-0.1976	-0.0579	-0.0189	-0.0538	-0.7553	-0.2787	0.0935	-0.0079	0.049	-0.0506	0.009	-0.0212	40.3987	-0.5345	14.8865
3	3.2346	-0.9697	-3.4816	3.0829	1.2911	11.1814	0.3212	0.271	0.0215	-0.1781	0.1387	-0.1976	-0.2255	0.1271	-0.4599	0.0142	-0.0783	0.0826	0.1217	-0.0654	-0.0379	53.1296	-0.3831	-7.9656
4	15.4086	3.9982	-11.7739	3.9548	-0.5843	23.9906	-0.0011	-0.0949	0.3299	0.2194	0.2763	0.0301	-0.2089	0.3454	-0.2752	-0.1327	0.0254	0.0425	0.0235	0.0429	-0.1234	67.1307	0.4974	-30.037
5	1.9291	0.2936	-4.0648	0.0447	-0.6186	8.5649	0.0645	-0.029	0.0538	0.0874	-0.1324	0.0996	-0.0885	-0.6153	0.0679	-0.0886	0.0394	-0.0113	0.098	-0.0002	0.0911	12.4293	0.098	59.4747
6	15.107	1.8148	-12.169	0.236	-1.1815	14.1814	-0.1933	0.7452	0.0328	-0.2344	0.3461	-0.0778	0.5053	-0.1246	-0.1528	-0.0118	-0.0013	0.0281	-0.1179	-0.0116	0.0064	-2.4728	0.2575	82.2751

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A - G	A - B	1 - 16	1 - 8
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B - H	C - D	1 - 16	1 - 8
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C - I	E - F	1 - 16	1 - 8
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D - J	G - H	1 - 16	1 - 8
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E - K	I - J	1 - 16	1 - 8
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	K	1 - 8	1 - 8

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)