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- PDB-2a2o: CRYSTAL STRUCTURE OF a putativeTenA family transcriptional regula... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a2o
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF a putativeTenA family transcriptional regulator (BT_3146) FROM BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON VPI-5482 AT 2.16 A RESOLUTION
要素hypothetical protein BT3146
キーワードTRANSCRIPTION / PUTATIVE TENA FAMILY TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI
機能・相同性: / Heme oxygenase-like / Heme Oxygenase; Chain A / Haem oxygenase-like, multi-helical / Up-down Bundle / Mainly Alpha / cytosol / : / TenA family transcriptional activator-like protein
機能・相同性情報
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of (np_812058.1) from BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON VPI-5482 at 2.16 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2005年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 7 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 7 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A HEXAMER AS A BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGIMERIZATION STATE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein BT3146
B: hypothetical protein BT3146
C: hypothetical protein BT3146
D: hypothetical protein BT3146
E: hypothetical protein BT3146
F: hypothetical protein BT3146
G: hypothetical protein BT3146
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,10243
ポリマ－210,0517
非ポリマー2,05136
水30,8961715
1
A: hypothetical protein BT3146
B: hypothetical protein BT3146
C: hypothetical protein BT3146
D: hypothetical protein BT3146
E: hypothetical protein BT3146
F: hypothetical protein BT3146
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,80737
ポリマ－180,0446
非ポリマー1,76331
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16730 Å2
ΔGint10 kcal/mol
Surface area50200 Å2
手法PISA
2
G: hypothetical protein BT3146
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,76836
ポリマ－180,0446
非ポリマー1,72430
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-y+2,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_675-x+y+1,-x+2,z1
crystal symmetry operation10_775-y+2,-x+2,-z+1/21
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z+1/21
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)201.238, 201.238, 291.030
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11G-247-

K

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81A
91B
101C
111D
121E
131F
141G

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSALAALAAA11 - 9423 - 106
21LYSLYSALAALABB11 - 9423 - 106
31LYSLYSALAALACC11 - 9423 - 106
41LYSLYSALAALADD11 - 9423 - 106
51LYSLYSALAALAEE11 - 9423 - 106
61LYSLYSALAALAFF11 - 9423 - 106
71LYSLYSALAALAGG11 - 9423 - 106
82THRTHRLEULEUAA101 - 239113 - 251
92THRTHRLEULEUBB101 - 239113 - 251
102THRTHRLEULEUCC101 - 239113 - 251
112THRTHRLEULEUDD101 - 239113 - 251
122THRTHRLEULEUEE101 - 239113 - 251
132THRTHRLEULEUFF101 - 239113 - 251
142THRTHRLEULEUGG101 - 239113 - 251
詳細SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A HEXAMER AS A BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGIMERIZATION STATE.

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要素

#1: タンパク質
hypothetical protein BT3146


分子量: 30007.312 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
株: VPI-5482 / 遺伝子: np_812058.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8A309
#2: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1715 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.64 %
結晶化温度: 273 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 5
詳細: 1.0M LiCl, 10.0% PEG-6000, 0.1M Citrate pH5.0 , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 273K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97934, 0.89194
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月12日 / 詳細: Flat mirror, double crystal monochromator, toroid
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979341
20.891941
反射解像度: 2.16→48.85 Å / Num. obs: 175804 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsRsym value
2.16-2.2890.240.431.8238000.43
2.28-2.41945.70.3482.2235840.348
2.41-2.5896.18.10.2922.6228080.292
2.58-2.7996.58.30.2143.5213050.214
2.79-3.0596.98.30.1564.8197530.156
3.05-3.4297.28.30.1086.7179920.108
3.42-3.9497.78.20.0719.9160610.071
3.94-4.83988.10.06210.7136700.062
4.83-6.83987.90.05911.3107260.059
6.83-48.8596.87.40.03616.861060.036

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT1.601データ抽出
XDSデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.16→48.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 5.535 / SU ML: 0.075 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.115
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. POORLY DEFINED RESIDUES: A/B/C/E/G10, E/F191, THE MODELS FOR THESE RESIDUES MAY BE NOT VERY RELIABLE. 3. THE OLIGOMERIC STATE IS ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. POORLY DEFINED RESIDUES: A/B/C/E/G10, E/F191, THE MODELS FOR THESE RESIDUES MAY BE NOT VERY RELIABLE. 3. THE OLIGOMERIC STATE IS ASSIGNED AS HEXAMER CONSISTING OF THREE LOOSELY ASSOCIATED DIMERS. THIS IS SUPPORTED BY SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING. 4. POTASSIUM IONS ARE TENTATIVELY ASSIGNED TO INTERPRET THE DENSITY WHICH CANNOT BE EXPLAINED BY WATERS. 5. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.7 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 6. LOOPS 97-99 ADOPTS DIFFERENT CONFORMATIONS BETWEEN CHAIN A/C/F AND B/D/E/G.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.173 8818 5 %RANDOM
Rwork0.145 ---
all0.146 ---
obs-166931 95.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.196 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20.01 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→48.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12898 0 120 1715 14733
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.02213494
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0211672
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4271.93918340
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.917327110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.81451601
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.80824.134670
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.589152093
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4671567
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.21952
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215053
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022933
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.23149
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1790.211578
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1950.26957
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.26859
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1640.21158
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2280.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2330.2101
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2150.223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.38838030
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.25933272
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.837512943
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.0985590
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.472115397
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1313TIGHT POSITIONAL0.050.05
2B1313TIGHT POSITIONAL0.040.05
3C1313TIGHT POSITIONAL0.060.05
4D1313TIGHT POSITIONAL0.050.05
5E1313TIGHT POSITIONAL0.060.05
6F1313TIGHT POSITIONAL0.070.05
7G1313TIGHT POSITIONAL0.040.05
1A1949MEDIUM POSITIONAL0.280.5
2B1949MEDIUM POSITIONAL0.220.5
3C1949MEDIUM POSITIONAL0.250.5
4D1949MEDIUM POSITIONAL0.290.5
5E1949MEDIUM POSITIONAL0.310.5
6F1949MEDIUM POSITIONAL0.30.5
7G1949MEDIUM POSITIONAL0.230.5
1A1313TIGHT THERMAL0.170.5
2B1313TIGHT THERMAL0.170.5
3C1313TIGHT THERMAL0.190.5
4D1313TIGHT THERMAL0.180.5
5E1313TIGHT THERMAL0.180.5
6F1313TIGHT THERMAL0.180.5
7G1313TIGHT THERMAL0.170.5
1A1949MEDIUM THERMAL0.782
2B1949MEDIUM THERMAL0.812
3C1949MEDIUM THERMAL0.872
4D1949MEDIUM THERMAL0.862
5E1949MEDIUM THERMAL0.922
6F1949MEDIUM THERMAL0.912
7G1949MEDIUM THERMAL0.842
LS精密化 シェル解像度: 2.16→2.216 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 639 -
Rwork0.217 11269 -
obs--88.52 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.81190.29870.63030.6989-0.16471.4129-0.0536-0.10630.11110.05710.01090.0751-0.0941-0.14330.0427-0.02580.0052-0.0263-0.04530.0041-0.026950.223222.74755.21
20.84620.14030.58020.5809-0.08411.52910.02150.0394-0.07410.0546-0.0073-0.04480.21210.0364-0.01420.0401-0.0312-0.0426-0.04230.0185-0.031942.133184.90349.915
30.73020.14180.06770.6793-0.10410.5521-0.0224-0.0438-0.0126-0.001-0.0192-0.0025-0.03070.01270.0416-0.0341-0.0118-0.0128-0.0642-0.0086-0.075412.263182.44427.325
40.4170.37960.15660.9585-0.12820.7722-0.00350.0519-0.0028-0.0282-0.0367-0.11450.05380.03320.0402-0.0195-0.00020.0107-0.05710.0048-0.056822.821197.265-7.316
50.4189-0.025-0.16070.7873-0.00550.35960.06060.047-0.0077-0.0303-0.06210.02050.002-0.00490.0015-0.0223-0.0272-0.007-0.05920.004-0.058630.697233.114-3.261
60.37330.2092-0.00810.5517-0.35230.718-0.0003-0.0095-0.0466-0.0154-0.0008-0.04960.06410.06120.0011-0.032-0.0167-0.0062-0.0320.009-0.047659.81237.32922.527
71.355-0.27820.19670.81660.17310.16530.00430.08210.057-0.08850.0091-0.0801-0.03440.0389-0.0134-0.0572-0.0060.0188-0.04810.0175-0.040483.14205.50965.927
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: all

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA10 - 23922 - 251
22BB10 - 23922 - 251
33CC10 - 23922 - 251
44DD11 - 23923 - 251
55EE10 - 23922 - 251
66FF11 - 23923 - 251
77GG10 - 23922 - 251

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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