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万見
- PDB-2a2n: Crystal Structure of the peptidylprolyl isomerase domain of Human... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a2n
タイトルCrystal Structure of the peptidylprolyl isomerase domain of Human PPWD1
要素peptidylprolyl isomerase domain and WD repeat containing 1
キーワードISOMERASE / CIS-TRANS ISOMERIZATION / PROTEIN-FOLDING / PEPTIDYLPROLYL ISOMERASE / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / mRNA splicing, via spliceosome / protein folding / nuclear body / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin A-like / Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. ...Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin A-like / Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidylprolyl isomerase domain and WD repeat-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Walker, J.R. / Davis, T.L. / Newman, E.M. / Mackenzie, F. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2008
タイトル: The crystal structure of human WD40 repeat-containing peptidylprolyl isomerase (PPWD1).
著者: Davis, T.L. / Walker, J.R. / Ouyang, H. / MacKenzie, F. / Butler-Cole, C. / Newman, E.M. / Eisenmesser, E.Z. / Dhe-Paganon, S.
履歴
登録2005年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: peptidylprolyl isomerase domain and WD repeat containing 1
B: peptidylprolyl isomerase domain and WD repeat containing 1
C: peptidylprolyl isomerase domain and WD repeat containing 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5864
ポリマ－58,4943
非ポリマー921
水6,990388
1
A: peptidylprolyl isomerase domain and WD repeat containing 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4981
ポリマ－19,4981
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: peptidylprolyl isomerase domain and WD repeat containing 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4981
ポリマ－19,4981
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: peptidylprolyl isomerase domain and WD repeat containing 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5902
ポリマ－19,4981
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)139.658, 39.893, 115.638
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.33, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 peptidylprolyl isomerase domain and WD repeat containing 1


分子量: 19497.936 Da / 分子数: 3 / 断片: peptidylprolyl isomerase domain, RESIDUES 482-646 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPWD1 / プラスミド: pET28-LIC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q96BP3, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.68 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: 1.7M NH4SO4, 0.1M sodium cacodylate pH 5.7, 0.2M sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年4月7日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→23.2 Å / Num. all: 59800 / Num. obs: 59800 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 34.86
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 4076 / % possible all: 63.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1X07

1x07


解像度: 1.65→23.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 4.798 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24538 3027 5.1 %RANDOM
Rwork0.19939 ---
obs0.20169 56773 91.43 %-
all-59800 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.339 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.43 Å20 Å2-1.5 Å2
2--1.67 Å20 Å2
3----2.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→23.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3865 0 6 388 4259
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0213969
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3681.9255376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.735490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.09423.934183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.93415655
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9791521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2584
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023034
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.21994
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.22743
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.2375
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2130.274
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2010.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5432524
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.31843987
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.74351648
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.95571389
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.2534172
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free7.4133402
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.75833871
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 164 -
Rwork0.249 2669 -
obs--59.53 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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