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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2a2l | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Klebsiella pneumoniae protein ORFY, Pfam DUF336 | ||||||
要素 | unknown | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / UNKNOWN / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC | ||||||
機能・相同性 | Haem-degrading domain / Corrinoid adenosyltransferase PduO/GlcC-like / Corrinoid adenosyltransferase PduO/GlcC-like superfamily / Haem degrading protein HbpS-like / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Ramagopal, U. / Patskovsky, Y. / Almo, S.C. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of Klebsiella Pneumoniae Hypothetical Protein Orfy 著者: Ramagopal, U. / Patskovsky, Y. / Almo, S.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2a2l.cif.gz | 125 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2a2l.ent.gz | 99.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2a2l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2a2l_validation.pdf.gz | 450.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2a2l_full_validation.pdf.gz | 458.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2a2l_validation.xml.gz | 28.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2a2l_validation.cif.gz | 42.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/2a2l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/2a2l | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 4 - 146 / Label seq-ID: 3 - 145
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詳細 | The assymetric unit contains tetramer (A,B,C,D), but the biological assembly is an octamer. The symmetry related second tetramer is generated be the two-fold axis -x+1, -y+1, z. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15352.450 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: ORFY / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q48422 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.09 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 30% MPD, 0.1M HEPES, 0.2M Sodium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 87 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.989 / 波長: 0.989 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTAM Q315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月7日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.989 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 33912 / Num. obs: 32826 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0.5 / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rsym value: 0.118 / Net I/σ(I): 6.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.191 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 2765 / Rsym value: 0.222 / % possible all: 79.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→103.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 5.812 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.333 / ESU R Free: 0.274 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.415 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→103.69 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 1059 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.257 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Total num. of bins used: 20
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