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- PDB-2a2l: Crystal structure of Klebsiella pneumoniae protein ORFY, Pfam DUF336 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a2l
タイトルCrystal structure of Klebsiella pneumoniae protein ORFY, Pfam DUF336
要素unknown
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / UNKNOWN / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性: / Haem-degrading domain / Corrinoid adenosyltransferase PduO/GlcC-like / Corrinoid adenosyltransferase PduO/GlcC-like superfamily / Haem degrading protein HbpS-like / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Ramagopal, U. / Patskovsky, Y. / Almo, S.C. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Klebsiella Pneumoniae Hypothetical Protein Orfy
著者: Ramagopal, U. / Patskovsky, Y. / Almo, S.C.
履歴
登録2005年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: unknown
B: unknown
C: unknown
D: unknown


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4104
ポリマ－61,4104
非ポリマー00
水10,052558
1
A: unknown
B: unknown
C: unknown
D: unknown

A: unknown
B: unknown
C: unknown
D: unknown


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,8208
ポリマ－122,8208
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area26330 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area38980 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)80.490, 80.490, 207.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 4 - 146 / Label seq-ID: 3 - 145

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
詳細The assymetric unit contains tetramer (A,B,C,D), but the biological assembly is an octamer. The symmetry related second tetramer is generated be the two-fold axis -x+1, -y+1, z.

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要素

#1: タンパク質
unknown


分子量: 15352.450 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: ORFY / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q48422
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 558 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.09 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30% MPD, 0.1M HEPES, 0.2M Sodium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 87 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.989 / 波長: 0.989 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTAM Q315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月7日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.989 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 33912 / Num. obs: 32826 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0.5 / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rsym value: 0.118 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.191 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 2765 / Rsym value: 0.222 / % possible all: 79.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
HKL-2000データ削減
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
REFMAC5.2.0005精密化
SCALEPACKデータスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→103.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 5.812 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.333 / ESU R Free: 0.274 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30788 1017 3.1 %RANDOM
Rwork0.23489 ---
all0.247 32826 --
obs0.23725 31792 92.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.415 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.52 Å20 Å20 Å2
2---0.52 Å20 Å2
3---1.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→103.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4264 0 0 558 4822
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0224304
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3971.9515830
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.485572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg46.82726.889180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.6515750
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5521512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2710
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023176
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.190.32378
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.53069
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2150.5520
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2080.3127
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2340.541
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1310.052929
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.2180.054548
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.58311533
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it11.06431282
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1059 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Atight positional0.460.05
2Btight positional0.360.05
3Ctight positional0.380.05
4Dtight positional0.360.05
1Atight thermal3.41
2Btight thermal3.681
3Ctight thermal3.541
4Dtight thermal3.491
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 53 -
Rwork0.267 1972 -
obs-1972 79.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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