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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2a2b | ||||||
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タイトル | Curvacin A | ||||||
要素 | Bacteriocin curvacin A | ||||||
キーワード | ANTIBIOTIC / alfa helix / beta-sheet like strukture | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Lactobacillus curvatus (バクテリア) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Haugen, H.S. / Kristiansen, P.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005 タイトル: Three-dimensional structure in lipid micelles of the pediocin-like antimicrobial peptide curvacin A 著者: Haugen, H.S. / Fimland, G. / Nissen-Meyer, J. / Kristiansen, P.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2a2b.cif.gz | 217.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2a2b.ent.gz | 186.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2a2b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/2a2b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/2a2b | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4312.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lactobacillus curvatus (バクテリア) / 株: LTH1174 / 参照: UniProt: P0A311 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques. |
-試料調製
詳細 | 内容: 2.1mM Curvacin A, 350mM DPC, 89.9% H2O, 10% D2O, 0.1% TFA 溶媒系: 89.9% H2O, 10% D2O; 0.1% TFA |
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試料状態 | pH: 2.8 / 圧: ambient / 温度: 308 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 800 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 詳細: The structures are based on a total of 607 restraints, 567 are NOE-derived distance constraints, 28 dihedral angle constraints, 12 distance restraints from hydrogen bonds. | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |