PDB-2a27: Human DRP-1 kinase, W305S S308A D40 mutant, crystal form with 8 m...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2a27

タイトル

Human DRP-1 kinase, W305S S308A D40 mutant, crystal form with 8 monomers in the asymmetric unit

要素

Death-associated protein kinase 2

キーワード

TRANSFERASE / protein kinase / autoinhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of eosinophil chemotaxis / autophagosome lumen / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / neutrophil migration / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / positive regulation of neutrophil chemotaxis / anoikis / protein autophosphorylation / cytoplasmic vesicle / regulation of apoptotic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Kursula, P. / Lehmann, F. / Shani, G. / Kimchi, A. / Wilmanns, M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Human DRP-1 kinase, W305S S308A D40 mutant, crystal form with 8 monomers in the asymmetric unit
著者: Kursula, P. / Lehmann, F. / Shani, G. / Kimchi, A. / Wilmanns, M.

履歴

登録	2005年6月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2021年11月10日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2a27.cif.gz	471.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2a27.ent.gz	390.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2a27.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2a27_validation.pdf.gz	521.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2a27_full_validation.pdf.gz	563 KB	表示
XML形式データ	2a27_validation.xml.gz	82.7 KB	表示
CIF形式データ	2a27_validation.cif.gz	110.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/2a27 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/2a27	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1z9x 2a2a
類似構造データ	2xgp-2 1qpa-d 384 388 386 3es7-d 2yaa-d 4emy-2 2xgq-2 2a2a-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#127 - 2010年7月
クリスタリン (Crystallins)
類似性 (1)
#174 - 2014年6月
GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Death-associated protein kinase 2

B: Death-associated protein kinase 2

C: Death-associated protein kinase 2

D: Death-associated protein kinase 2

E: Death-associated protein kinase 2

F: Death-associated protein kinase 2

G: Death-associated protein kinase 2

H: Death-associated protein kinase 2

ヘテロ分子

297 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Death-associated protein kinase 2

E: Death-associated protein kinase 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
74.4 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Death-associated protein kinase 2

C: Death-associated protein kinase 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
74.4 kDa, 2 ポリマー
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3

D: Death-associated protein kinase 2

G: Death-associated protein kinase 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
74.4 kDa, 2 ポリマー
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4

F: Death-associated protein kinase 2

H: Death-associated protein kinase 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
74.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	159.120, 113.350, 247.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.09, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	F
6	1	E
7	1	G
8	1	H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / Refine code: 4

Dom-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	SER	SER	A	A	2 - 305	3 - 306
2	ARG	ARG	B	B	2 - 304	3 - 305
3	ARG	ARG	C	C	2 - 304	3 - 305
4	SER	SER	D	D	2 - 305	3 - 306
5	ARG	ARG	F	F	2 - 304	3 - 305
6	ARG	ARG	E	E	2 - 304	3 - 305
7	ARG	ARG	G	G	2 - 304	3 - 305
8	SER	SER	H	H	2 - 305	3 - 306

#1: タンパク質	Death-associated protein kinase 2 / DRP-1 kinase / DAP kinase 2 / DAP- kinase related protein 1 / DRP-1 分子量: 37025.352 Da / 分子数: 8 / 断片: D40 truncation / 変異: W305S, S308A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pDEST-15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9UIK4, EC: 2.7.1.37
#2: 化合物	ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL 分子量: 154.251 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂S₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 67 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: ammonium sulfate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8416 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年9月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8416 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→35 Å / Num. all: 87689 / Num. obs: 87689 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 63 Å² / R_sym value: 0.081 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 3→3.2 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 15360 / R_sym value: 0.434 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0000	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 38.161 / SU ML: 0.321 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: TLS refinement / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.703 / ESU R Free: 0.357 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23844	4395	5 %	RANDOM
R_work	0.21744	-	-	-
all	0.21852	87443	-	-
obs	0.21852	87443	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 94.853 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.37 Å²	0 Å²	-1.68 Å²
2-	-	-1.44 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19763	0	64	176	20003

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.021	20195
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	18647
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.142	1.959	27227
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.72	3	43435
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.556	5	2419
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.213	24.303	1018
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.715	15	3766
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.897	15	146
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	3051
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	22143
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	4107
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	4165
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.202	0.2	21141
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	12153
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	230
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.26	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.322	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.276	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.599	3	15864
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.201	3	4910
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.787	4	19623
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.708	4	9313
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.095	5	7604

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 4777 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	medium positional	0.15	0.2
2	B	medium positional	0.2	0.2
3	C	medium positional	0.12	0.2
4	D	medium positional	0.13	0.2
5	F	medium positional	0.1	0.2
6	E	medium positional	0.14	0.2
7	G	medium positional	0.09	0.2
8	H	medium positional	0.09	0.2
1	A	medium thermal	0.66	3
2	B	medium thermal	0.81	3
3	C	medium thermal	0.57	3
4	D	medium thermal	0.45	3
5	F	medium thermal	0.34	3
6	E	medium thermal	0.36	3
7	G	medium thermal	0.34	3
8	H	medium thermal	0.33	3

LS精密化シェル

解像度: 3→3.076 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.375	293
R_work	0.356	6051

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6429	0.483	-0.0577	4.2192	-0.9657	3.0955	-0.0383	-0.394	0.0338	0.1589	-0.0672	-0.1267	-0.63	0.2244	0.1055	-0.5538	-0.0346	0.0271	-0.5996	-0.0319	-0.4624	38.8999	-0.0123	31.0106
2	0.9775	0.4298	-0.7725	4.2145	-1.8064	3.7039	-0.0491	0.145	-0.0876	0.2104	0.0122	0.1251	0.0065	-0.2193	0.037	-0.5803	-0.0336	-0.0373	-0.8796	-0.0481	-0.3402	34.7093	14.4793	-2.191
3	5.7423	0.4431	1.1723	1.7068	0.5796	2.3432	-0.0037	0.6645	-0.4814	-0.0877	-0.0874	0.0009	0.3126	-0.1032	0.091	-0.494	0.0179	0.124	-0.3932	-0.1752	-0.3245	32.3201	1.8181	-35.6949
4	4.5326	-0.6314	-0.3618	1.7165	-0.4825	3.1059	0.0122	0.6039	-0.0717	-0.4411	0.0974	-0.0446	-0.11	0.4479	-0.1097	-0.3294	-0.1703	0.0612	-0.062	-0.3689	-0.2569	5.3384	-1.504	-60.2128
5	3.4414	-0.3303	-1.1068	2.2375	1.0732	2.7278	0.0792	-0.5589	0.3173	0.0868	-0.1328	-0.0687	-0.6339	0.4764	0.0536	-0.0683	-0.3147	-0.1836	0.2987	-0.0237	-0.2718	52.4538	11.6599	62.0399
6	4.0737	-0.3688	-0.7744	1.5897	-0.4504	4.0826	-0.0498	-0.0425	0.0719	0.0771	-0.0411	0.0686	-0.5962	0.3276	0.0909	0.246	-0.1762	-0.1809	0.2352	-0.3593	-0.0934	37.768	22.2141	93.8291
7	1.275	0.1224	-0.6955	4.1415	-0.1878	2.1926	-0.0272	0.0651	0.0809	-0.4372	0.0934	-0.0623	-0.0519	0.262	-0.0662	0.3805	-0.2269	-0.1001	0.2903	-0.1328	-0.2764	1.5955	-5.3277	-95.8799
8	2.1534	0.4613	0.3892	3.499	0.0929	1.8688	-0.0317	-0.0325	0.0126	0.1369	-0.0918	0.2584	-0.1931	0.0006	0.1235	0.4577	-0.072	0.005	0.2447	-0.152	-0.3552	49.0384	24.5404	127.7413

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 305	3 - 306
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	2 - 304	3 - 305
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	2 - 304	3 - 305
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	2 - 305	3 - 306
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	2 - 304	3 - 305
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	2 - 304	3 - 305
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	G	2 - 304	3 - 305
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	H	2 - 305	3 - 306

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)