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万見
- PDB-2a20: Solution structure of Rim2 Zinc Finger Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a20
タイトルSolution structure of Rim2 Zinc Finger Domain
要素Regulating synaptic membrane exocytosis protein 2
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Zinc-finger Domain
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / structural constituent of presynaptic active zone / calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter / spontaneous neurotransmitter secretion / synaptic vesicle docking / inhibitory synapse / presynaptic active zone cytoplasmic component / regulation of exocytosis / photoreceptor ribbon synapse / calcium-ion regulated exocytosis ...regulation of calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / structural constituent of presynaptic active zone / calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter / spontaneous neurotransmitter secretion / synaptic vesicle docking / inhibitory synapse / presynaptic active zone cytoplasmic component / regulation of exocytosis / photoreceptor ribbon synapse / calcium-ion regulated exocytosis / positive regulation of dendrite extension / neurotransmitter secretion / positive regulation of inhibitory postsynaptic potential / insulin secretion / synaptic vesicle priming / regulation of synaptic vesicle exocytosis / exocytosis / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / regulation of membrane potential / GABA-ergic synapse / cell projection / establishment of localization in cell / intracellular protein transport / small GTPase binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / presynaptic membrane / protein-macromolecule adaptor activity / transmembrane transporter binding / cell differentiation / protein domain specific binding / positive regulation of gene expression / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / protein-containing complex / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #120 / : / RIM2-alpha zinc finger / Rim-like / Rab-binding domain / Rab-binding domain profile. / Zinc finger, FYVE-related / Zinc finger FYVE/FYVE-related type profile. / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) ...Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #120 / : / RIM2-alpha zinc finger / Rim-like / Rab-binding domain / Rab-binding domain profile. / Zinc finger, FYVE-related / Zinc finger FYVE/FYVE-related type profile. / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulating synaptic membrane exocytosis protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Dulubova, I. / Lou, X. / Lu, J. / Huryeva, I. / Alam, A. / Schneggenburger, R. / Sudhof, T.C. / Rizo, J.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2005
タイトル: A Munc13/RIM/Rab3 tripartite complex: from priming to plasticity?
著者: Dulubova, I. / Lou, X. / Lu, J. / Huryeva, I. / Alam, A. / Schneggenburger, R. / Sudhof, T.C. / Rizo, J.
履歴
登録2005年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulating synaptic membrane exocytosis protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0023
ポリマ－6,8711
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 500structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Regulating synaptic membrane exocytosis protein 2 / Rab3-interacting molecule 2 / RIM 2


分子量: 6870.929 Da / 分子数: 1 / 断片: Zinc-finger domain, FYVE-Type, residues 83-142 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Rims2, Rim2 / プラスミド: pGEX-KT / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9JIS1
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1223D 15N-separated NOESY
1332D NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM U-15N,13C Rim2 ZF domain, 20 mM Pipes pH 6.9, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM U-15N Rim2 ZF domain, 20 mM Pipes pH 6.9, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
31mM U-15N Rim2 ZF domain, 20 mM Pipes pH 6.9, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP, 100% D2O100% D2O
試料状態イオン強度: 150 mM NaCl / pH: 6.9 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA5002

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解析

NMR software
名称バージョン分類
NMRPipe2.3解析
NMRView5.0.16データ解析
ARIA2.0a構造決定
CNS1.1精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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