PDB-2a1d: Staphylocoagulase bound to bovine thrombin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2a1d

タイトル

Staphylocoagulase bound to bovine thrombin

要素

(thrombin) x 2
Staphylocoagulase

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / prothrombin activator / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidase activator activity / fibrinogen binding / thrombin / protein polymerization / positive regulation of blood coagulation / acute-phase response / platelet activation / collagen-containing extracellular matrix / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding ...
類似検索 - 分子機能

Staphylcoagulase, helix bundle domain 1 / Staphylcoagulase, helix bundle, domain 2 / Staphylocoagulase repeat / Staphylocoagulase, N-terminal, subdomain 1 / Staphylcoagulase, N-terminal, subdomain 2 / Staphylcoagulase, N-terminal, subdomain 1 / Staphylocoagulase repeat / Staphylococcus aureus coagulase / Staphylocoagulase repeat signature. / Epsilon-Thrombin; Chain L ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Friedrich, R. / Panizzi, P. / Kawabata, S. / Bode, W. / Bock, P.E. / Fuentes-Prior, P.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structural Basis for Reduced Staphylocoagulase-mediated Bovine Prothrombin Activation
著者: Friedrich, R. / Panizzi, P. / Kawabata, S. / Bode, W. / Bock, P.E. / Fuentes-Prior, P.

履歴

登録	2005年6月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.3	2013年2月27日	Group: Other
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年3月20日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_src_syn / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.details
改定 2.2	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.3	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2a1d.cif.gz	229.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2a1d.ent.gz	184.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2a1d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2a1d_validation.pdf.gz	561.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2a1d_full_validation.pdf.gz	637.2 KB	表示
XML形式データ	2a1d_validation.xml.gz	35.3 KB	表示
CIF形式データ	2a1d_validation.cif.gz	51.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/2a1d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/2a1d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1nu7 1nu9
類似構造データ	5x3i-2 5yf7-d 2eab-2 5i9e-1 2eac-2 1nu9-2 1lwn-d 2eab-1 6sir-d 2fpp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#25 - 2002年1月トロンビン (Thrombin) 類似性 (22) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (21) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (6) #232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (5)

登録構造単位

A: thrombin

B: thrombin

D: Staphylocoagulase

E: thrombin

F: thrombin

H: Staphylocoagulase

ヘテロ分子

147 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: thrombin

B: thrombin

D: Staphylocoagulase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: thrombin

F: thrombin

H: Staphylocoagulase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	183.780, 102.540, 134.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 129.14, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 2種, 4分子 BFDH

#2: タンパク質	thrombin / Coagulation factor II 分子量: 29772.422 Da / 分子数: 2 / 断片: Thrombin heavy chain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00735, thrombin
#3: タンパク質	Staphylocoagulase 分子量: 38541.992 Da / 分子数: 2 / 断片: active fragment 1-329 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17855

-
タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 3分子 AE

#1: タンパク質・ペプチド

thrombin / Coagulation factor II

分子量: 4792.293 Da / 分子数: 2 / 断片: Thrombin light chain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00735, thrombin

#5: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 4分子

#4: 化合物	ChemComp-0G6 / D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide / THROMBIN-SPECIFIC INHIBITOR / PPACK タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 453.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₄ClN₆O₃ / 詳細: CHEMICALLY SYNTHESIZED / 参照: D-Phe-Pro-Arg-CH2Cl
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na

-
詳細

Has protein modification	Y
非ポリマーの詳細	THE INHIBITOR IS COVALENTLY CONNECTED TO ACTIVE_SITE RESIDUES: 1) VIA A HEMIKETAL GROUP TO OG SER ...THE INHIBITOR IS COVALENTLY CONNECTED TO ACTIVE_SITE RESIDUES: 1) VIA A HEMIKETAL GROUP TO OG SER 195 IN CHAINS B AND F, 2) VIA A METHYLENE GROUP TO NE2 HIS 57 IN CHAINS B AND F.
配列の詳細	THIS DIVERGENCE OF GLY FROM THE REPORTED SEQUENCE, PERHAPS ADDING THAT THIS VARIATION IS IRRELEVANT ...THIS DIVERGENCE OF GLY FROM THE REPORTED SEQUENCE, PERHAPS ADDING THAT THIS VARIATION IS IRRELEVANT FOR (PRO)THROMBIN BINDING, WHICH IS AN IMPORTANT POINT OF THIS ENTRY.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.4 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M IMIDAZOLE, 0.2M AMMONIUM FORMATE, 12% POLYETHYLENE GLYCOL 4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年4月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.4→55.7 Å / Num. obs: 138556 / Observed criterion σ(I): 2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
TRUNCATE		データ削減
AMoRE		位相決定
CNS	1.1	精密化
CCP4	(TRUNCATE)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: HUMAN THROMBIN-STAPHYLOCOAGULASE COMPLEX

解像度: 3.5→31.69 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.306	420	-	RANDOM
R_work	0.233	-	-	-
obs	-	21210	86.7 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.36 Å²	0 Å²	9.55 Å²
2-	-	-1.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.32 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.57 Å	0.41 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.72 Å	0.48 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.5→31.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9558	0	76	0	9634

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.4
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	21.3
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.78

LS精密化シェル

解像度: 3.5→3.72 Å / R_factor R_free error: 0.075

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.394	28	-
R_work	0.266	-	-
obs	-	1429	36.2 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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