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万見
- PDB-2a1b: Carboxysome shell protein ccmK2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a1b
タイトルCarboxysome shell protein ccmK2
要素Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 2
キーワードcarboxysome / cyclic hexamer / c6 point symmetry
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of carboxysome shell / carboxysome / carbon fixation / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Carboxysome shell protein CcmK / BMC (bacterial microcompartment) domain / Bacterial microcompartments protein, conserved site / Bacterial microcompartment (BMC) domain signature. / CcmK/CsoS1, bacterial microcompartment domain / : / Bacterial microcompartment (BMC) domain profile. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / BMC ...Carboxysome shell protein CcmK / BMC (bacterial microcompartment) domain / Bacterial microcompartments protein, conserved site / Bacterial microcompartment (BMC) domain signature. / CcmK/CsoS1, bacterial microcompartment domain / : / Bacterial microcompartment (BMC) domain profile. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / BMC / CcmK-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Carboxysome shell protein CcmK2
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kerfeld, C.A. / Sawaya, M.R. / Tanaka, S. / Nguyen, C.V. / Phillips, M. / Beeby, M. / Yeates, T.O.
引用ジャーナル: Science / 年: 2005
タイトル: Protein structures forming the shell of primitive bacterial organelles
著者: Kerfeld, C.A. / Sawaya, M.R. / Tanaka, S. / Nguyen, C.V. / Phillips, M. / Beeby, M. / Yeates, T.O.
履歴
登録2005年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 2
B: Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 2
C: Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 2
D: Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 2
E: Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 2
F: Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 2
G: Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 2
H: Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 2
I: Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 2
J: Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 2
K: Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 2
L: Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,36012
ポリマ－151,36012
非ポリマー00
水00
1
A: Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 2
B: Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 2
C: Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 2
D: Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 2
E: Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 2
F: Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,6806
ポリマ－75,6806
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13240 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area24430 Å2
手法PISA
2
G: Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 2
H: Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 2
I: Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 2
J: Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 2
K: Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 2
L: Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,6806
ポリマ－75,6806
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13380 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area24300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.744, 179.987, 69.769
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.98, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211
詳細The asymmetric unit contains two biological assemblies: a hexamer consisting of chains A,B,C,D,E,F, and a hexamer consisting of chains G,H,I,J,K,L.

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要素

#1: タンパク質
Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 2 / ccmK2


分子量: 12613.297 Da / 分子数: 12 / 変異: E52G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / 遺伝子: ccmK2 / プラスミド: pET22B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold DE3 / 参照: UniProt: P72761

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: ammonium sulfate, methylpentanediol, dioxane, MES, 1,6 hexanediol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-D / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年10月8日
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→100 Å / Num. all: 31983 / Num. obs: 31983 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: -0.8 Å2 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 2.3 % / Num. unique all: 2736 / Rsym value: 0.352 / % possible all: 83.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS1.1精密化
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2A10

2a10


解像度: 2.9→89.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 2141108.78 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Used twin operator -h,-k,h+l twin fraction 0.5
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.346 2863 9.1 %RANDOM
Rwork0.313 ---
all0.313 31634 --
obs0.313 31634 96 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 26.4503 Å2 / ksol: 0.379737 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 58.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--37.12 Å20 Å2-11.11 Å2
2--67.7 Å20 Å2
3----30.59 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.77 Å0.76 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1.02 Å1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→89.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9072 0 0 0 9072
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.02
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Total num. of bins used: 6 /
反射数%反射
Rfree358 7.5 %
Rwork4421 -
obs-87.9 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: protein_rep.param / Topol file: protein.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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