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- PDB-2a18: carboxysome shell protein ccmK4, crystal form 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a18
タイトルcarboxysome shell protein ccmK4, crystal form 2
要素Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 4
キーワードcarboxysome / cyclic hexamer / c6 point symmetry
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of carboxysome shell / carboxysome / carbon fixation / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Carboxysome shell protein CcmK / BMC (bacterial microcompartment) domain / Bacterial microcompartments protein, conserved site / Bacterial microcompartment (BMC) domain signature. / CcmK/CsoS1, bacterial microcompartment domain / : / Bacterial microcompartment (BMC) domain profile. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / BMC ...Carboxysome shell protein CcmK / BMC (bacterial microcompartment) domain / Bacterial microcompartments protein, conserved site / Bacterial microcompartment (BMC) domain signature. / CcmK/CsoS1, bacterial microcompartment domain / : / Bacterial microcompartment (BMC) domain profile. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / BMC / CcmK-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AMMONIUM ION / Carboxysome shell protein CcmK4
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Kerfeld, C.A. / Sawaya, M.R. / Tanaka, S. / Nguyen, C.V. / Phillips, M. / Beeby, M. / Yeates, T.O.
引用ジャーナル: Science / 年: 2005
タイトル: Protein structures forming the shell of primitive bacterial organelles
著者: Kerfeld, C.A. / Sawaya, M.R. / Tanaka, S. / Nguyen, C.V. / Phillips, M. / Beeby, M. / Yeates, T.O.
履歴
登録2005年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 4
B: Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 4
C: Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4176
ポリマ－40,3633
非ポリマー543
水1,44180
1
A: Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 4
B: Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 4
C: Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 4
ヘテロ分子

A: Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 4
B: Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 4
C: Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,83412
ポリマ－80,7266
非ポリマー1086
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area13640 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area23660 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)70.549, 125.040, 32.521
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
12A
22B
32C
13A
23B
33C
14A
24B
34C
15A
25B
35C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNGLYGLYAA4 - 294 - 29
21GLNGLNGLYGLYBB4 - 294 - 29
31GLNGLNGLYGLYCC4 - 294 - 29
12ALAALAALAALAAA39 - 7239 - 72
22ALAALAALAALABB39 - 7239 - 72
32ALAALAALAALACC39 - 7239 - 72
13VALVALPROPROAA74 - 8174 - 81
23VALVALPROPROBB74 - 8174 - 81
33VALVALPROPROCC74 - 8174 - 81
14PROPROGLUGLUAA83 - 10783 - 107
24PROPROGLUGLUBB83 - 10783 - 107
34PROPROGLUGLUCC83 - 10783 - 107
15ILEILEILEILEAA31 - 3731 - 37
25ILEILEILEILEBB31 - 3731 - 37
35ILEILEILEILECC31 - 3731 - 37

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
詳細The biological assembly is generated by the two-fold axis: 1-x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 4 / ccmK4


分子量: 13454.331 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / 遺伝子: ccmK4 / プラスミド: pET22B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold DE3 / 参照: UniProt: P73407
#2: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1M sodium citrate, pH 4.6, 30% PEG 4000, 0.2M ammonium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月11日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→90 Å / Num. all: 13846 / Num. obs: 13846 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 42.5 Å2 / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 23.2
反射 シェル解像度: 2.28→2.36 Å / 冗長度: 13.9 % / Mean I/σ(I) obs: 8.7 / Num. unique all: 1346 / Rsym value: 0.373 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Icesoftwareデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.2精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2A10

2a10


解像度: 2.28→62.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 13.331 / SU ML: 0.163 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.395 / ESU R Free: 0.222 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22236 686 5 %RANDOM
Rwork0.20262 ---
all0.20364 13071 --
obs0.20364 13071 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.78 Å20 Å20 Å2
2--1.3 Å20 Å2
3---0.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→62.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2325 0 3 80 2408
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0222367
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0061.9583222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.2925309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.43723.43896
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.37415375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7791521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2381
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021797
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.190.21109
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2910.21689
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1030.2132
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1580.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.120.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6351.51597
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.12922505
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1613858
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0194.5717
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A172tight positional0.010.05
12B172tight positional0.020.05
13C172tight positional0.010.05
21A244tight positional0.010.05
22B244tight positional0.010.05
23C244tight positional0.010.05
31A67tight positional0.010.05
32B67tight positional0.010.05
33C67tight positional0.010.05
41A198tight positional0.010.05
42B198tight positional0.010.05
43C198tight positional0.010.05
51A54tight positional0.010.05
52B54tight positional0.010.05
53C54tight positional0.010.05
11A172tight thermal0.030.5
12B172tight thermal0.030.5
13C172tight thermal0.030.5
21A244tight thermal0.030.5
22B244tight thermal0.030.5
23C244tight thermal0.030.5
31A67tight thermal0.020.5
32B67tight thermal0.020.5
33C67tight thermal0.020.5
41A198tight thermal0.020.5
42B198tight thermal0.020.5
43C198tight thermal0.020.5
51A54tight thermal0.030.5
52B54tight thermal0.030.5
53C54tight thermal0.030.5
LS精密化 シェル解像度: 2.28→2.339 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 57 -
Rwork0.234 935 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.93371.4596-0.75922.85-0.98921.82710.0031-0.06240.09590.1783-0.0980.025-0.2089-0.07710.0949-0.08260.0401-0.0268-0.0507-0.0778-0.086916.484812.538615.5039
21.9296-1.39080.44114.067-0.7962.2511-0.0972-0.09-0.06380.1536-0.06730.14360.1044-0.2310.1644-0.1024-0.07260.0523-0.017-0.0837-0.060314.9823-9.983115.5258
34.3042-0.4545-0.97521.8517-0.03291.7798-0.0186-0.17830.13930.0892-0.089-0.065-0.16830.11240.1075-0.0091-0.0373-0.091-0.0944-0.0152-0.075836.765522.471715.54
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA4 - 1074 - 107
2X-RAY DIFFRACTION2BB4 - 1074 - 107
3X-RAY DIFFRACTION3CC4 - 1074 - 107

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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