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- PDB-2a11: Crystal Structure of Nuclease Domain of Ribonuclase III from Myco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a11
タイトルCrystal Structure of Nuclease Domain of Ribonuclase III from Mycobacterium Tuberculosis
要素Ribonuclease III
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSLATION / HYDROLASE / ribonuclease / RNase III / nuclease domain / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Mycobacterium Tuberculosis Structural Proteomics Project (XMTB)
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease III / rRNA catabolic process / ribonuclease III activity / tRNA processing / RNA processing / mRNA processing / rRNA processing / double-stranded RNA binding / regulation of gene expression / metal ion binding ...ribonuclease III / rRNA catabolic process / ribonuclease III activity / tRNA processing / RNA processing / mRNA processing / rRNA processing / double-stranded RNA binding / regulation of gene expression / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease III domain / Ribonuclease iii, N-terminal Endonuclease Domain; Chain A / Ribonuclease-III-like / Ribonuclease III / Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif ...Ribonuclease III domain / Ribonuclease iii, N-terminal Endonuclease Domain; Chain A / Ribonuclease-III-like / Ribonuclease III / Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribonuclease 3 / Ribonuclease 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Akey, D.L. / Berger, J.M. / Mycobacterium Tuberculosis Structural Proteomics Project (XMTB)
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2005
タイトル: Structure of the nuclease domain of ribonuclease III from M. tuberculosis at 2.1 A
著者: Akey, D.L. / Berger, J.M.
履歴
登録2005年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6373
ポリマ－25,5571
非ポリマー802
水2,900161
1
A: Ribonuclease III
ヘテロ分子

A: Ribonuclease III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2746
ポリマ－51,1142
非ポリマー1604
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_666-y+1,-x+1,-z+3/21
Buried area2650 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area13760 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)72.589, 72.589, 96.013
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1003-

HOH

詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold symmetry operator: -x, -y, -z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease III / E.C.3.1.26.3 / RNase III


分子量: 25556.984 Da / 分子数: 1 / 断片: Nuclease domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: rnc / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLyS
参照: UniProt: P66666, UniProt: P9WH03*PLUS, ribonuclease III
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.3 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 15% PEG 3000, 100 mM Ca-acetate, 100 mM Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
1,21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.9793, 1.000, 1.100
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2002年9月20日
ADSC QUANTUM 42CCD2003年8月4日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1ALS 8.3.1MADMx-ray1
2ALS 8.3.1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
211
31.11
Reflection
ID数Rmerge(I) obsΧ2D res high (Å)D res low (Å)% possible obs
1166730.0481.0142.53097.3
2164770.0471.0282.53096.1
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squared
5.383090.510.0370.917
4.275.3897.410.0410.913
3.734.2798.710.0410.953
3.393.7399.210.0440.972
3.153.3999.610.0521.047
2.963.1599.910.0641.031
2.822.9699.810.0781.081
2.692.8299.910.11.063
2.592.6999.610.1181.095
2.52.5988.710.1381.075
5.383090.720.0381.033
4.275.3897.520.0410.994
3.734.2798.720.0411.011
3.393.7399.220.0431.014
3.153.3999.620.0520.944
2.963.1599.920.0641.033
2.822.9699.820.0761.071
2.692.8299.920.0981.075
2.592.6995.320.1111.052
2.52.5980.120.1331.089
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 15593 / Num. obs: 15508 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Χ2: 0.973 / Net I/σ(I): 28
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.252 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. measured obs: 1517 / Χ2: 0.9 / % possible all: 99.6

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
12 wavelength10.979310.84-9.81
12 wavelength211.23-3.48
Phasing MAD set siteAtom type symbol: LAM1 / B iso: 60 / Fract x: 0.763 / Fract y: 0.754 / Fract z: 0.028 / Occupancy: 0.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
Blu-Iceデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2857 774 5 %RANDOM
Rwork0.2585 ---
all0.286 15593 --
obs0.286 15447 99.1 %-
溶媒の処理Bsol: 84.097 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 56.844 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.355 Å20 Å20 Å2
2---3.355 Å20 Å2
3---6.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1158 0 2 161 1321
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.723
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.2154.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.7294.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.7266.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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