[日本語] English
万見
- PDB-2a0l: Crystal structure of KvAP-33H1 Fv complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a0l
タイトルCrystal structure of KvAP-33H1 Fv complex
要素
  • (33H1 Fv fragment) x 2
  • Voltage-gated potassium channel
キーワードMEMBRANE PROTEIN / voltage sensor / voltage-dependent K+ channel / K+ channel-Fv complex / ion channel
機能・相同性
機能・相同性情報


action potential / voltage-gated potassium channel activity / voltage-gated potassium channel complex / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated potassium channel / Helix Hairpins - #70 / Ion transport domain / Ion transport protein / Helix Hairpins / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Voltage-gated potassium channel
類似検索 - 構成要素
生物種Aeropyrum pernix (古細菌)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Lee, S.Y. / Lee, A. / Chen, J. / Mackinnon, R.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005
タイトル: Structure of the KvAP voltage-dependent K+ channel and its dependence on the lipid membrane.
著者: Lee, S.Y. / Lee, A. / Chen, J. / Mackinnon, R.
履歴
登録2005年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Voltage-gated potassium channel
B: Voltage-gated potassium channel
C: 33H1 Fv fragment
D: 33H1 Fv fragment
E: 33H1 Fv fragment
F: 33H1 Fv fragment
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,33410
ポリマ－101,1786
非ポリマー1564
水00
1
A: Voltage-gated potassium channel
B: Voltage-gated potassium channel
C: 33H1 Fv fragment
D: 33H1 Fv fragment
E: 33H1 Fv fragment
F: 33H1 Fv fragment
ヘテロ分子

A: Voltage-gated potassium channel
B: Voltage-gated potassium channel
C: 33H1 Fv fragment
D: 33H1 Fv fragment
E: 33H1 Fv fragment
F: 33H1 Fv fragment
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,66920
ポリマ－202,35612
非ポリマー3138
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_565x,-y+1,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)136.362, 136.362, 191.812
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number93
Space group name H-MP4222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2-

K

21A-3-

K

31B-1-

K

41B-4-

K

詳細The biological assembly is a tetramer generated from the dimer in the asymmetric unit by the operation : x. -y+1,-z

-
要素

#1: タンパク質 Voltage-gated potassium channel / KvAP


分子量: 26168.955 Da / 分子数: 2 / 断片: KvAP K+ channel / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aeropyrum pernix (古細菌) / 遺伝子: KVAP_AERPE / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1Blue / 参照: UniProt: Q9YDF8
#2: 抗体 33H1 Fv fragment


分子量: 11238.435 Da / 分子数: 2 / 断片: Fv fragment,light chain / 由来タイプ: 天然 / 詳細: mouse hybridoma / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 33H1 Fv fragment


分子量: 13181.556 Da / 分子数: 2 / 断片: Fv fragment, heavy chain / 由来タイプ: 天然 / 詳細: mouse hybridoma / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: sodium citrate, Tric-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X2511.1
シンクロトロンALS 8.2.121.1
シンクロトロンCHESS A130.9795
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2004年11月10日
ADSC QUANTUM 2102CCD2004年11月18日
ADSC Q2103CCD2004年12月7日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Mx-ray1
3Mx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.11
20.97951
反射解像度: 3.9→57.7 Å / Num. obs: 16257 / 冗長度: 6.94 % / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 3.9→4.1 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.465 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 3.9→57.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Data cutoff high absF: 6294012.31 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.392 789 4.9 %RANDOM
Rwork0.358 ---
obs0.358 16234 94.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 164.237 Å2 / ksol: 0.260472 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 187.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-34.47 Å20 Å20 Å2
2--34.47 Å20 Å2
3----68.95 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.88 Å0.81 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.98 Å0.9 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.9→57.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6742 0 4 0 6746
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it18.011.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it27.942
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it18.272
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it26.672.5
LS精密化 シェル解像度: 3.9→4.14 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.437 117 4.3 %
Rwork0.438 2586 -
obs--97.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.param

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る