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- PDB-2a0i: F Factor TraI Relaxase Domain bound to F oriT Single-stranded DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a0i
タイトルF Factor TraI Relaxase Domain bound to F oriT Single-stranded DNA
要素
  • F plasmid single-stranded oriT DNA
  • TraI protein
キーワードhydrolase/DNA / single-stranded DNA / protein-DNA complex / 5-strand antiparallel beta sheet / hydrolase-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / DNA helicase / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding ...DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / DNA helicase / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA helicase, TraI type / Conjugative transfer relaxase protein TraI / TraI, 2B/2B-like domain / TraI, N-terminal subdomain / : / DNA helicase TraI, C-terminal / single-stranded DNA binding TraI N-terminal subdomain / DNA relaxase TraI 2B/2B-like domain / TraI helicase-associated ssDNA bd, N-terminal / Conjugative relaxase, N-terminal ...DNA helicase, TraI type / Conjugative transfer relaxase protein TraI / TraI, 2B/2B-like domain / TraI, N-terminal subdomain / : / DNA helicase TraI, C-terminal / single-stranded DNA binding TraI N-terminal subdomain / DNA relaxase TraI 2B/2B-like domain / TraI helicase-associated ssDNA bd, N-terminal / Conjugative relaxase, N-terminal / TrwC relaxase / TrwC relaxase / AAA domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / DNA / DNA (> 10) / Multifunctional conjugation protein TraI
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Larkin, C. / Datta, S. / Harley, M.J. / Anderson, B.J. / Ebie, A. / Hargreaves, V. / Schildbach, J.F.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2005
タイトル: Inter- and intramolecular determinants of the specificity of single-stranded DNA binding and cleavage by the f factor relaxase.
著者: Larkin, C. / Datta, S. / Harley, M.J. / Anderson, B.J. / Ebie, A. / Hargreaves, V. / Schildbach, J.F.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: Structural insights into single-stranded DNA binding and cleavage by F factor TraI
著者: Datta, S. / Larkin, C. / Schildbach, J.F.
履歴
登録2005年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: F plasmid single-stranded oriT DNA
A: TraI protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3524
ポリマ－43,2592
非ポリマー932
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.515, 77.515, 114.369
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-945-

HOH

21A-947-

HOH

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要素

#1: DNA鎖 F plasmid single-stranded oriT DNA


分子量: 6932.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized oligonucleotide
#2: タンパク質 TraI protein / DNA helicase I


分子量: 36326.547 Da / 分子数: 1 / Mutation: Y16F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: traI / プラスミド: pET-24a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P14565, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.08 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 1000, Imidazole, Calcium Chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 100011
2Imidazole11
3Calcium Chloride11
4PEG 100012
5Imidazole12
6Calcium Chloride12

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年10月31日
放射モノクロメーター: MSC/Max-Flux confocal mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.72→99 Å / Num. obs: 9891 / % possible obs: 87.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Χ2: 0.74
反射 シェル解像度: 2.72→2.82 Å / % possible obs: 62.2 % / Rmerge(I) obs: 0.331 / Num. measured obs: 671 / Χ2: 0.715 / % possible all: 62.2

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位相決定

Phasing MRMethod rotation: fast direct / Method translation: &STRIP%trans_method

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.601データ抽出
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1P4D Chain A

1p4d


解像度: 2.72→14.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 1007 10.2 %Random
Rwork0.215 ---
all0.221 10672 --
obs0.221 9891 92.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 42.3338 Å2 / ksol: 0.256485 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 69.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.42 Å26.23 Å20 Å2
2---3.42 Å20 Å2
3---6.84 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.59 Å0.48 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.72→14.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2240 211 6 67 2524
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree error% reflection obs (%)
2.72-2.820.37512511.20.3339900.03384.8
2.82-2.970.3971129.20.31111060.03890.8
2.97-3.150.37814011.30.30310950.03293.1
3.15-3.390.3371148.90.24911600.03295.4
3.39-3.730.3011219.70.24511250.02793
3.73-4.260.24513710.80.19911260.02195
4.26-5.330.22813710.70.16211380.0295.6
5.33-14.870.2181219.60.18111440.0292.9
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2ion.param
X-RAY DIFFRACTION3dna-rna.param
X-RAY DIFFRACTION4water.param
X-RAY DIFFRACTION5imidazole.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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