PDB-2a03: Superoxide dismutase protein from plasmodium berghei

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2a03

タイトル

Superoxide dismutase protein from plasmodium berghei

要素

Fe-superoxide dismutase homolog

キーワード

OXIDOREDUCTASE / STRUCTURAL GENOMICS / PSI / Protein Structure Initiative / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium / SGPP

機能・相同性

: / :

機能・相同性情報

生物種

Plasmodium berghei (ネズミマラリア原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.33 Å

データ登録者

Holmes, M.A. / Merritt, E.A. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Hypothetical protein from plasmodium berghei
著者: Holmes, M.A. / Merritt, E.A. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)

履歴

登録	2005年6月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年6月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.description / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 600

HETEROGEN THE IDENTITY OF THE METAL IONS AT SITES 200 AND 300 IS UNCERTAIN. THIS MODEL CONTAINS MN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2a03.cif.gz	98.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2a03.ent.gz	73.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2a03.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/2a03 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/2a03	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1iscS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2goj-d 2cw2-d 1isc-d 2awp-d 3tqj-d 1uer-1 2bkb-1 1isb-d 3h1s-d 1uer-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Pber005319AAA

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fe-superoxide dismutase homolog

B: Fe-superoxide dismutase homolog

ヘテロ分子

47.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Fe-superoxide dismutase homolog

B: Fe-superoxide dismutase homolog

ヘテロ分子

A: Fe-superoxide dismutase homolog

B: Fe-superoxide dismutase homolog

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
94.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.111, 105.111, 207.935
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	Fe-superoxide dismutase homolog 分子量: 23626.533 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium berghei (ネズミマラリア原虫) 遺伝子: PB000490.02.0 / プラスミド: PET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4YW77, superoxide dismutase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.94 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 0.4 ul protein 20 mg/ml, 0.4 ul crystallization buffer, 100mM Zn acetate, 14% PEG 8000, 80mM Na citrate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9537 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9537 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.33→50 Å / Num. obs: 29521 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 12.9 % / R_merge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 25.704

反射シェル

解像度 (Å)	% possible obs (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Diffraction-ID
2.33-2.41	86.8	0.465	2.952	2505	1
2.41-2.51	99.4	0.446	4.505	2934	1
2.51-2.62	99.9	0.405	6.178	2917	1
2.62-2.76	100	0.327	8.674	2940	1
2.76-2.94	100	0.196	14.016	2937	1
2.94-3.16	100	0.12	21.233	2962	1
3.16-3.48	100	0.083	30.551	2980	1
3.48-3.98	100	0.058	43.304	3004	1
3.98-5.02	100	0.047	56.983	3059	1
5.02-50	100	0.034	59.578	3283	1

-
位相決定

Phasing MR

R_factor: 0.552 / Cor.coef. F_o:F_c: 0.35

	最高解像度	最低解像度
Translation	4 Å	15 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
EPMR	2.5	位相決定
PDB_EXTRACT	1.6	データ抽出
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	refmac_5.2.0005 24/04/2001	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1ISC

1isc

解像度: 2.33→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / WR_factor R_free: 0.202 / WR_factor R_work: 0.171 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2017	1493	5.081 %	random
R_work	0.1707	-	-	-
obs	-	29383	98.963 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.207 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.332 Å²	0.666 Å²	0 Å²
2-	-	1.332 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.997 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.33→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3133	0	3	256	3392

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.021	3260
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2732
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.087	1.899	4447
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.707	3	6391
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.484	5	392
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.826	25.412	170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.662	15	495
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	6.173	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	465
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3696
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	668
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.3	757
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.18	0.3	2668
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.19	0.5	1610
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.5	1572
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.5	346
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.17	0.3	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.223	0.3	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.308	0.5	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.896	2	2527
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.167	2	807
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.175	3	3134
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.513	3	2734
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.888	4	1601
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.57	4	2680
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.641	6	1313
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.091	6	3657

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.33-2.391	0.332	107	0.224	1737	2110	87.393
2.391-2.456	0.288	91	0.211	1937	2064	98.256
2.456-2.526	0.25	107	0.208	1917	2026	99.901
2.526-2.602	0.263	103	0.188	1844	1949	99.897
2.602-2.686	0.224	111	0.187	1802	1913	100
2.686-2.778	0.197	107	0.174	1748	1855	100
2.778-2.881	0.174	83	0.166	1687	1770	100
2.881-2.996	0.172	94	0.163	1652	1746	100
2.996-3.126	0.199	95	0.168	1552	1647	100
3.126-3.275	0.207	80	0.174	1523	1603	100
3.275-3.447	0.206	54	0.169	1463	1517	100
3.447-3.649	0.216	85	0.181	1378	1464	99.932
3.649-3.892	0.216	70	0.16	1303	1374	99.927
3.892-4.19	0.203	69	0.142	1213	1282	100
4.19-4.57	0.13	51	0.139	1154	1205	100
4.57-5.077	0.203	40	0.144	1048	1088	100
5.077-5.8	0.173	44	0.184	954	998	100
5.8-6.959	0.212	50	0.189	813	863	100
6.959-9.295	0.139	34	0.159	678	712	100
9.295-20	0.147	18	0.201	487	505	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.172	-0.063	0.262	0.619	-0.3141	2.0785	-0.0366	-0.0468	0.1608	0.0235	-0.0086	0.0157	-0.1094	0.0184	0.0453	0.0016	0.022	-0.0003	0.0132	-0.0133	-0.0023	30.27	30.581	122.267
2	1.5276	-0.5094	-0.0564	0.9766	0.2435	4.0993	0.0795	0.1412	0.1845	0.01	-0.0379	-0.1936	-0.0909	0.2673	-0.0416	0.0353	0.0432	0.008	0.0043	0.0161	-0.0213	28.505	29.524	136.478

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 1 - 197 / Label seq-ID: 9 - 205

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	2	B	B

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関連情報:EMDBヘッダ

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