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- PDB-272d: PARALLEL AND ANTIPARALLEL (G.GC)2 TRIPLE HELIX FRAGMENTS IN A CRY... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 272d
タイトルPARALLEL AND ANTIPARALLEL (G.GC)2 TRIPLE HELIX FRAGMENTS IN A CRYSTAL STRUCTURE
要素DNA (5'-D(*GP*GP*CP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*G)-3')
キーワードDNA / B-DNA / DOUBLE HELIX / INTERMOLECULAR BASE TRIPLET / OVERHANGING BASES
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Vlieghe, D. / Van Meervelt, L. / Dautant, A. / Gallois, B. / Precigoux, G. / Kennard, O.
引用ジャーナル: Science / 年: 1996
タイトル: Parallel and antiparallel (G.GC)2 triple helix fragments in a crystal structure.
著者: Vlieghe, D. / Van Meervelt, L. / Dautant, A. / Gallois, B. / Precigoux, G. / Kennard, O.
履歴
登録1996年7月9日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01996年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 300 BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 ... BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). TWO TYPES OF TRIPLEXES CAN BE GENERATED - PARALLEL TRIPLEX AND ANTIPARALLEL TRIPLEX. ONLY THE SYMMETRY OPERATIONS WHICH GENERATE THE PARALLEL TRIPLEX ARE SHOWN IN REMARK 350. THE PARALLEL TRIPLEX IS GENERATED BY APPLYING SYMMETRY OPERATION 1/2-X, 1-Y, 1/2+Z. THE ANTIPARALLEL TRIPLEX IS GENERATED BY APPLYING SYMMETRY OPERATION 1-X, 1/2+Y, 1/2-Z.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1702
ポリマ－6,1702
非ポリマー00
水79344
1
A: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*G)-3')

A: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3404
ポリマ－12,3404
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x+1/2,-y+1,z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)26.250, 36.820, 53.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*CP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*G)-3')


分子量: 3085.029 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.55 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 / 詳細: pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, temperature 289.00K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2MPD11
3MGCL211
4SPERMINE11
5WATER12
6MPD12
結晶化
*PLUS
温度: 16 ℃ / pH: 6
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.4 mMDNA1drop
243 mM1dropMgCl2
30.6 mMspermine1drop
43 %MPD1drop
540 %MPD1reservoir
61

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データ収集

回折Ambient temp details: ROOM TEMPERATURE
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: D41A
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2→14.5 Å / Num. all: 12303 / Num. obs: 3534 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 3 % / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Rsym value: 0.193 / % possible all: 86.3
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 14.5 Å / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 3 % / Num. measured all: 12303 / Rmerge(I) obs: 0.046
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.1 Å / % possible obs: 86.3 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.193 / Mean I/σ(I) obs: 3.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE(J. NAVAZA)位相決定
SHELXL-93精密化
IPMOSFLMデータ削減
ABSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→10 Å / Num. parameters: 1818 / Num. restraintsaints: 1990 / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
obs0.209 3514
all-3514
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET'S PRINCIPLE
原子変位パラメータBiso mean: 30.6 Å2
Refine Biso
クラスRefine-ID詳細Treatment
ALL ATOMSX-RAY DIFFRACTIONTRisotropic
ALL WATERSX-RAY DIFFRACTIONTRisotropic
Refine analyzeNum. disordered residues: 0
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 410 0 44 454
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-93 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 3212 / σ(F): 0
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 30.6 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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