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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 26sl | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | crystal structure of MAIT A-F7 TCR-MR1-xanthosine | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / MAIT cells / MR1 / antigen presentation | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationantigen processing and presentation of exogenous antigen / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / MHC class I receptor activity / T cell differentiation in thymus / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / regulation of natural killer cell mediated immunity / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression ...antigen processing and presentation of exogenous antigen / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / MHC class I receptor activity / T cell differentiation in thymus / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / regulation of natural killer cell mediated immunity / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / regulation of iron ion transport / negative regulation of iron ion transport / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class Ib / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / HFE-transferrin receptor complex / MHC class I peptide loading complex / transferrin transport / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / cellular response to iron ion / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class I protein complex / negative regulation of epithelial cell proliferation / cellular response to nicotine / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / specific granule lumen / positive regulation of immune response / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / peptide antigen binding / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of T cell activation / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / sensory perception of smell / Modulation by Mtb of host immune system / tertiary granule lumen / positive regulation of cellular senescence / MHC class II protein complex binding / DAP12 signaling / late endosome membrane / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / defense response to Gram-negative bacterium / amyloid fibril formation / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / external side of plasma membrane / Golgi membrane / innate immune response / focal adhesion / lysosomal membrane / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / : / extracellular exosome / extracellular region / membrane / identical protein binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.49 Å | ||||||
Authors | Awad, W. / Rossjohn, J. | ||||||
| Funding support | Australia, 1items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2026Title: The MHC-I related protein 1 MR1 can bind host purine catabolites. Authors: Abdelaal, M.R. / Lim, X.Y. / Mak, J.Y.W. / Fairlie, D.P. / McCluskey, J. / Corbett, A.J. / Gherardin, N.A. / Awad, W. / Rossjohn, J. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 26sl.cif.gz | 815.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb26sl.ent.gz | Display | PDB format | |
| PDBx/mmJSON format | 26sl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/6s/26sl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/6s/26sl | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 26sjC ![]() 26skC C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ACBF
| #1: Protein | Mass: 31711.670 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: C261S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: MR1 / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 11879.356 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: B2M / Production host: ![]() |
|---|
-Human A-F7 TCR ... , 2 types, 4 molecules DGEH
| #3: Protein | Mass: 32715.451 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: ![]() #4: Protein | Mass: 27677.760 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 5 types, 631 molecules 






| #5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Chemical | ChemComp-ACT / #7: Chemical | Mass: 284.225 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Formula: C10H12N4O6 / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #8: Chemical | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.58 Å3/Da / Density % sol: 52.35 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: PEG 3350, BTP, Ca chloride |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.9322 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Oct 10, 2010 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9322 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.49→48.26 Å / Num. obs: 140853 / % possible obs: 96.77 % / Redundancy: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 49.59 Å2 / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 6.42 |
| Reflection shell | Resolution: 2.49→2.52 Å / Num. unique obs: 4172 / CC1/2: 0.293 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.49→48.26 Å / SU ML: 0.3517 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 24.4931 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 56.75 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.49→48.26 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
Australia, 1items
Citation

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