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万見
- PDB-258d: FACTORS AFFECTING SEQUENCE SELECTIVITY ON NOGALAMYCIN INTERCALATI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 258d
タイトルFACTORS AFFECTING SEQUENCE SELECTIVITY ON NOGALAMYCIN INTERCALATION: THE CRYSTAL STRUCTURE OF D(TGTACA)-NOGALAMYCIN
要素DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*CP*A)-3')
キーワードDNA (デオキシリボ核酸) / B-DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG
機能・相同性酢酸塩 / NOGALAMYCIN / スペルミン / デオキシリボ核酸
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Smith, C.K. / Brannigan, J.A. / Moore, M.H.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Factors affecting DNA sequence selectivity of nogalamycin intercalation: the crystal structure of d(TGTACA)2-nogalamycin2.
著者: Smith, C.K. / Brannigan, J.A. / Moore, M.H.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: DNA-Nogalamycin Interactions: The Crystal Structure of d(TGATCA) Complexed with Nogalamycin
著者: Smith, C.K. / Davies, G.J. / Dodson, E.J. / Moore, M.H.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996
タイトル: DNA-Drug Refinement: A Comparison of the Programs NUCLSQ, PROLSQ, SHELXL93 and X-PLOR, Using the Low Temperature d(TGATCA)-Nogalamycin Structure
著者: Schuerman, G.S. / Smith, C.K. / Turkenburg, J.P. / Dettmar, A.N. / Van Meervelt, L. / Moore, M.H.
履歴
登録1996年5月12日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01996年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*CP*A)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*CP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,72812
ポリマ－7,2334
非ポリマー3,4958
水1,74797
1
A: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*CP*A)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,5358
ポリマ－3,6162
非ポリマー1,9196
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,1924
ポリマ－3,6162
非ポリマー1,5762
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)26.300, 51.980, 67.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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DNA鎖 , 1種, 4分子 ABCD

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*CP*A)-3')


分子量: 1808.229 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 5種, 105分子

#2: 化合物
ChemComp-NGM / NOGALAMYCIN / ノガラマイシン / Nogalamycin


分子量: 787.803 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H49NO16 / コメント: 抗腫瘍剤, 抗生剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.19 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.00K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER水11
2MPD11
3SPERMINEスペルミン11
4NA CACODYLATE11
5MG ACETATE11
6WATER水12
7MPD12
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 6.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
11.3 mMdouble-stranded oligonucleotide1drop
21.6 mMnogalamycin1drop
320 mMsodium cacodylate1drop
418 mMmagnesium acetate1drop
58-10 %(v/v)MPD1drop
60.4 mMspermine1drop
71reservoir0.100ml

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31
検出器タイプ: HENDRIX-LENTFER / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年7月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.58→10.69 Å / Num. obs: 13148 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.046
反射 シェル解像度: 1.58→1.66 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.196 / % possible all: 69.5
反射
*PLUS
最高解像度: 1.58 Å / 最低解像度: 10.69 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
SHELXL-93精密化
DENZOデータ削減
CCP4データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NDB ENTRY DDF049 (PDB: 182D)

182d


解像度: 1.58→10.69 Å / Num. parameters: 3310 / Num. restraintsaints: 12049 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TAYLOR AND KENNARD / 詳細: ESTIMATED COORDINATE ERROR (A) : 0.12A
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 1235 10 %
Rwork0.188 --
all0.192 12358 -
obs0.188 12358 94 %
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET'S PRINCIPLE
原子変位パラメータBiso mean: 21.78 Å2
Refine Biso
クラスRefine-ID詳細Treatment
ALL ATOMSX-RAY DIFFRACTIONTRisotropic
ALL WATERSX-RAY DIFFRACTIONTRisotropic
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→10.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 480 247 97 824
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.023
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.089
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.091
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.022
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.057
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-93 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.58 Å / 最低解像度: 10.69 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: s_plane_restr / Dev ideal: 0.089

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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