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Yorodumi- PDB-24pi: Ancestrally reconstructed acetolactate synthase - Ancestor N1774 ... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 24pi | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Ancestrally reconstructed acetolactate synthase - Ancestor N1774 with bound ThDP and magnesium. | ||||||
Components | Ancestral acetolactate synthase, catabolic | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / ThDP / Ancestor | ||||||
| Function / homology | ACETATE ION / THIAMINE DIPHOSPHATE Function and homology information | ||||||
| Biological species | synthetic construct (others) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.75 Å | ||||||
Authors | Douw, A. / Guddat, L.W. | ||||||
| Funding support | Australia, 1items
| ||||||
Citation | Journal: To Be PublishedTitle: Engineering of Acetolactate Synthase for Isobutanol Production Using Ancestral Sequence Reconstruction Authors: Douw, A. / Krco, S. / Bayaraa, T. / Foley, G. / Davis, S.J. / Paredes Trujillo, O. / Asser, L. / Sieber, V. / Boden, M. / Hine, D. / Guddat, L.W. / Schenk, G. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 24pi.cif.gz | 1008.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb24pi.ent.gz | 700.7 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 24pi.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/4p/24pi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/4p/24pi | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 9zglC C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 |
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
| #1: Protein | Mass: 61250.742 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Plasmid: pET-28a(+) / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 5 types, 147 molecules 








| #2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | ChemComp-TPP / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-ACT / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|---|
| Has protein modification | N |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.92 Å3/Da / Density % sol: 57.87 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.1M BIS-TRIS, 0.2M MgCl2, 25% (w/v) PEG 3350, 1mM ThDP |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.95372 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Nov 2, 2022 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.95372 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.75→48.07 Å / Num. obs: 71762 / % possible obs: 98.1 % / Redundancy: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 53.44 Å2 / CC1/2: 0.937 / Rmerge(I) obs: 0.193 / Rpim(I) all: 0.141 / Rrim(I) all: 0.24 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 6.9 |
| Reflection shell | Resolution: 2.75→2.81 Å / Redundancy: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 1.279 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4607 / CC1/2: 0.45 / Rpim(I) all: 0.915 / Rrim(I) all: 1.582 / Χ2: 0.88 / % possible all: 97.8 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.75→45.36 Å / SU ML: 0.3421 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.871 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 60.82 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.75→45.36 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|
Movie
Controller
About Yorodumi



X-RAY DIFFRACTION
Australia, 1items
Citation
PDBj


