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- PDB-248d: CRYSTAL STRUCTURES OF AN A-FORM DUPLEX WITH SINGLE-ADENOSINE BULG... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 248d
タイトルCRYSTAL STRUCTURES OF AN A-FORM DUPLEX WITH SINGLE-ADENOSINE BULGES AND A CONFORMATIONAL BASIS FOR SITE SPECIFIC RNA SELF-CLEAVAGE
要素DNA/RNA (5'-R(*GP*CP*GP*)-D(*AP*TP*AP*TP*AP*)-R(*CP*GP*C)-3'), ORTHORHOMBIC
キーワードDNA/RNA / A-DNA/RNA / DOUBLE HELIX / BULGES / DNA-RNA complex
機能・相同性SPERMINE / DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Portmann, S. / Grimm, S. / Workman, C. / Usman, N. / Egli, M.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 1996
タイトル: Crystal structures of an A-form duplex with single-adenosine bulges and a conformational basis for site-specific RNA self-cleavage.
著者: Portmann, S. / Grimm, S. / Workman, C. / Usman, N. / Egli, M.
履歴
登録1996年2月2日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01996年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA/RNA (5'-R(*GP*CP*GP*)-D(*AP*TP*AP*TP*AP*)-R(*CP*GP*C)-3'), ORTHORHOMBIC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,8593
ポリマ－3,4541
非ポリマー4052
水68538
1
A: DNA/RNA (5'-R(*GP*CP*GP*)-D(*AP*TP*AP*TP*AP*)-R(*CP*GP*C)-3'), ORTHORHOMBIC
ヘテロ分子

A: DNA/RNA (5'-R(*GP*CP*GP*)-D(*AP*TP*AP*TP*AP*)-R(*CP*GP*C)-3'), ORTHORHOMBIC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7186
ポリマ－6,9082
非ポリマー8094
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)25.890, 33.970, 57.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-14-

HOH

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要素

#1: DNA/RNAハイブリッド DNA/RNA (5'-R(*GP*CP*GP*)-D(*AP*TP*AP*TP*AP*)-R(*CP*GP*C)-3'), ORTHORHOMBIC


分子量: 3454.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE


分子量: 202.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.86 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.4 / 詳細: pH 7.40, VAPOR DIFFUSION
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2NA CACODYLATE11
3SPERMINE11
4MGCL211
5WATER12
6MPD12
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-ID
10.5 mMoligonucleotide1
210 mMsodium cacodylate1
333 mMspermine tetrahydrochloride1
42 mMmagnesium chloride1
540 %MPD1
61

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データ収集

回折Ambient temp details: ROOM TEMPERATURE
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年11月9日
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.8→28.78 Å / Num. all: 9641 / Num. obs: 2264 / % possible obs: 94 % / Rmerge(I) obs: 0.081
反射
*PLUS
% possible obs: 94 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLOR精密化
R-AXISデータ削減
精密化解像度: 1.83→10 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rfree0.236 -
Rwork0.159 -
obs0.159 2170
Refine Biso
クラスRefine-ID詳細Treatment
ALL ATOMSX-RAY DIFFRACTIONTRisotropic
ALL WATERSX-RAY DIFFRACTIONTRisotropic
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 229 28 38 295
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.28
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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