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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 246d | ||||||||||||||||||
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タイトル | STRUCTURE OF THE PURINE-PYRIMIDINE ALTERNATING RNA DOUBLE HELIX, R(GUAUAUA)D(C) , WITH A 3'-TERMINAL DEOXY RESIDUE | ||||||||||||||||||
![]() | DNA/RNA (5'-R(*![]() DNA/RNA / A-DNA/RNA / DOUBLE HELIX / DNA-RNA complex | 機能・相同性 | DNA/RNA hybrid | ![]() 手法 | ![]() ![]() Wahl, M.C. / Ban, C. / Sekharudu, C. / Ramakrishnan, B. / Sundaralingam, M. | ![]() ![]() タイトル: Structure of the purine-pyrimidine alternating RNA double helix, r(GUAUAUA)d(C), with a 3'-terminal deoxy residue. 著者: Wahl, M.C. / Ban, C. / Sekharudu, C. / Ramakrishnan, B. / Sundaralingam, M. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 19.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 12.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 369.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 371.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: DNA/RNAハイブリッド | 分子量: 2495.545 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.18 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.00K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 295 K / pH: 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年7月17日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→10 Å / Num. obs: 1775 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.0171 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. all: 2076 / % possible obs: 85.5 % / Observed criterion σ(I): 2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→10 Å / σ(F): 2 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |