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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 233l | ||||||
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タイトル | T4 LYSOZYME MUTANT M120L | ||||||
![]() | T4 LYSOZYME | ||||||
![]() | HYDROLASE / O-GLYCOSYL / GLYCOSIDASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Lipscomb, L.A. / Drew, D.L. / Gassner, N. / Baase, W.A. / Matthews, B.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Context-dependent protein stabilization by methionine-to-leucine substitution shown in T4 lysozyme. 著者: Lipscomb, L.A. / Gassner, N.C. / Snow, S.D. / Eldridge, A.M. / Baase, W.A. / Drew, D.L. / Matthews, B.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 47.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 33.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 426.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 429.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18610.324 Da / 分子数: 1 / 変異: C54T, C97A, M120L / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato 解説: MUTANT GENE DERIVED FROM THE M13 PLASMID BY CLONING THE T4 LYSOZYME GENE 細胞株: S2 / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: T4 LYSOZYME / プラスミド: M13 / 遺伝子 (発現宿主): T4 LYSOZYME / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-BME / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | SOLVENT MOLECULES 172, 215, 293, 311, AND 303 HAVE CLOSE CONTACTS AND MAY BE PARTIALLY OCCUPIED ...SOLVENT MOLECULES 172, 215, 293, 311, AND 303 HAVE CLOSE CONTACTS AND MAY BE PARTIALLY OCCUPIED METAL IONS (PROBABLY SODIUM OR POTASSIUM). | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.09 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: pH 7.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年4月1日 / 詳細: GRAPHITE MONOCHROMATOR |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.88→30 Å / Num. obs: 14179 / % possible obs: 83 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 7.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.88→2.02 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.224 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 44.4 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 44.4 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 1.9→30 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL V1.0 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: BABINET SCALING / Bsol: 730 Å2 / ksol: 1.141 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor all: 0.169 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: t_plane_restr / Dev ideal: 0.014 / Weight: 5 |