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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 223d | ||||||||||||||||||
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タイトル | DIRECT OBSERVATION OF TWO BASE-PAIRING MODES OF A CYTOSINE-THYMINE ANALOGUE WITH GUANINE IN A DNA Z-FORM DUPLEX: SIGNIFICANCE FOR BASE ANALOGUE MUTAGENESIS | ||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / Z-DNA / DOUBLE HELIX / MODIFIED | 機能・相同性 | DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() Moore, M.H. / Van Meervelt, L. / Salisbury, S.A. / Kong Thoo Lin, P. / Brown, D.M. | ![]() ![]() タイトル: Direct observation of two base-pairing modes of a cytosine-thymine analogue with guanine in a DNA Z-form duplex: significance for base analogue mutagenesis. 著者: Moore, M.H. / Van Meervelt, L. / Salisbury, S.A. / Lin, P.K. / Brown, D.M. #1: ![]() タイトル: To Wobble or Not to Wobble: Modified Bases Incorporated Into DNA 著者: Van Meervelt, L. / Moore, M.H. / Kong Thoo Lin, P. / Brown, D.M. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 18.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 11 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 372.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 392.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1852.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 25.44 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, temperature 277.00K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 292 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU AFC-5R / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.004 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: ZDF002 解像度: 1.7→8 Å / σ(F): 4 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: NUCLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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