PDB-220d: INFLUENCE OF COUNTER-IONS ON THE CRYSTAL STRUCTURES OF DNA DECAME...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 220d

タイトル

INFLUENCE OF COUNTER-IONS ON THE CRYSTAL STRUCTURES OF DNA DECAMERS: BINDING OF [CO(NH3)6]3+ AND BA2+ TO A-DNA

要素

DNA (5'-D(*AP*CP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*T)-3')

キーワード

DNA / A-DNA / DOUBLE HELIX

機能・相同性

: / DNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Gao, Y.-G. / Robinson, H. / Van Boom, J.H. / Wang, A.H.-J.

引用

ジャーナル: Biophys.J. / 年: 1995
タイトル: Influence of counter-ions on the crystal structures of DNA decamers: binding of [Co(NH3)6]3+ and Ba2+ to A-DNA.
著者: Gao, Y.G. / Robinson, H. / van Boom, J.H. / Wang, A.H.

履歴

登録	1995年6月26日	登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.0	1996年1月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月22日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	220d.cif.gz	17 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb220d.ent.gz	9.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	220d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	220d_validation.pdf.gz	320.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	220d_full_validation.pdf.gz	334.4 KB	表示
XML形式データ	220d_validation.xml.gz	3.2 KB	表示
CIF形式データ	220d_validation.cif.gz	4.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/20/220d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/20/220d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	212dC 221dC 222dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	327d-1 2b1b-d 401d-1 396d-1 138d-1 5fhl-1 1d88-d 349d-1 1i0j-d 395d-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*T)-3')

ヘテロ分子

3.18 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*T)-3')

ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*T)-3')

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
6.37 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.123, 40.123, 78.224
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(APCPCPCPGPCPGPGPGPT)-3') 分子量: 3045.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物	ChemComp-BA / BARIUM ION 分子量: 137.327 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.78 %

結晶化

手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50, VAPOR DIFFUSION

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	WATER	1	1
2	MPD	1	1
3	NA CACODYLATE	1	1
4	BA2+	1	1
5	WATER	1	3
6	BA2+	1	3

結晶化

*PLUS

手法: unknown

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	詳細
1	4 mM	DNA duplex	1	0.0025 ml
2	50 mM	sodium cacodylate	1	0.01 ml
3	20 %	MPD	1	0.0025 ml
4	20 mM	Ba2+	1	0.025 ml
5			1
6			1

-
データ収集

回折	Ambient temp details: ROOM TEMPERATURE
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE
放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	最高解像度: 2 Å / Num. obs: 1817
反射	PLUS R_merge(I) obs*: 0.065

-
解析

ソフトウェア

名称: NUCLSQ / 分類: 精密化

精密化

最高解像度: 2 Å / σ(F): 4 /

	R_factor	反射数
obs	0.206	1817

精密化ステップ

サイクル: LAST / 最高解像度: 2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	202	1	48	251

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	n_bond_d	0.025
X-RAY DIFFRACTION	n_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	n_planar_d
X-RAY DIFFRACTION	n_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTION	n_sugar_bond_it
X-RAY DIFFRACTION	n_sugar_angle_it
X-RAY DIFFRACTION	n_phos_bond_it
X-RAY DIFFRACTION	n_phos_angle_it
X-RAY DIFFRACTION	n_bond_angle_restr
X-RAY DIFFRACTION	n_dihedral_angle_restr
X-RAY DIFFRACTION	n_impr_tor
X-RAY DIFFRACTION	n_sugar_bond_d
X-RAY DIFFRACTION	n_sugar_bond_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	n_phos_bond_d
X-RAY DIFFRACTION	n_phos_bond_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	n_plane_restr
X-RAY DIFFRACTION	n_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTION	n_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTION	n_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTION	n_xhyhbond_nbd

精密化

*PLUS

最高解像度: 2 Å / σ(F): 4

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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