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万見
- PDB-210d: CRYSTAL AND MOLECULAR STRUCTURE OF A NEW Z-DNA CRYSTAL FORM: D[CG... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 210d
タイトルCRYSTAL AND MOLECULAR STRUCTURE OF A NEW Z-DNA CRYSTAL FORM: D[CGT(2-NH2-A)CG] AND ITS PLATINATED DERIVATIVE
要素DNA (5'-D(*CP*GP*TP*(1AP)P*CP*G)-3')
キーワードDNA / Z-DNA / DOUBLE HELIX / MODIFIED
機能・相同性SPERMINE / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Parkinson, G.N. / Arvantis, G.M. / Lessinger, L. / Ginell, S.L. / Jones, R. / Gaffney, B. / Berman, H.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: Crystal and molecular structure of a new Z-DNA crystal form: d[CGT(2-NH2-A)CG] and its platinated derivative.
著者: Parkinson, G.N. / Arvanitis, G.M. / Lessinger, L. / Ginell, S.L. / Jones, R. / Gaffney, B. / Berman, H.M.
履歴
登録1995年6月13日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01996年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*(1AP)P*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,0272
ポリマ－1,8241
非ポリマー2021
水43224
1
A: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*(1AP)P*CP*G)-3')
ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*(1AP)P*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,0534
ポリマ－3,6482
非ポリマー4052
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)25.247, 25.247, 39.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*TP*(1AP)P*CP*G)-3')


分子量: 1824.231 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / Density meas: 1.45 Mg/m3 / 溶媒含有率: 35.5 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP / Temp details: ROOM TEMPERATURE
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2MPD11
3SPERMINE11
4MGCL211
5NA CACODYLATE11
6WATER12
7MPD12
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 %MPD1drop
210 mMspermine1drop
315 mM1dropMgCl2
430 mMsodium cacodylate1drop
52 mMd[CGTA'CG]1drop
620 %MPD1reservoir
71

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データ収集

回折平均測定温度: 291 K
放射光源由来: 回転陽極
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS CAD4 / 検出器: DIFFRACTOMETER
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射最高解像度: 1.35 Å / Num. all: 4487 / Num. obs: 3408 / Observed criterion σ(F): 2
反射
*PLUS
最高解像度: 1.35 Å / 最低解像度: 2.1 Å / Num. obs: 3408 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 4 / Num. measured all: 4487
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.35 Å / 最低解像度: 1.5 Å / % possible obs: 53 %

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解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.35→12 Å / σ(F): 4 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.174 --
obs0.174 2957 74.7 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 123 15 24 162
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.88
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.35 Å / 最低解像度: 12 Å / σ(F): 4
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg9.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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