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- PDB-207d: SOLUTION STRUCTURE OF MITHRAMYCIN DIMERS BOUND TO PARTIALLY OVERL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 207d
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF MITHRAMYCIN DIMERS BOUND TO PARTIALLY OVERLAPPING SITES ON DNA
要素DNA (5'-D(*TP*AP*GP*CP*TP*AP*GP*CP*TP*A)-3')
キーワードDNA / DOUBLE HELIX / MITHRAMYCIN
機能・相同性Chem-CRH / DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Sastry, M. / Fiala, R. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Solution structure of mithramycin dimers bound to partially overlapping sites on DNA.
著者: Sastry, M. / Fiala, R. / Patel, D.J.
履歴
登録1995年4月20日処理サイト: BNL
改定 1.01995年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年6月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / ndb_struct_na_base_pair / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _chem_comp.type / _ndb_struct_na_base_pair.propeller ..._chem_comp.type / _ndb_struct_na_base_pair.propeller / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_PDB_ins_code / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*CP*TP*AP*GP*CP*TP*A)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*CP*TP*AP*GP*CP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,49316
ポリマ－6,0882
非ポリマー4,40514
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area10480 Å2
ΔGint114 kcal/mol
Surface area2380 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)8 / 8all calculated structures submitted
代表モデル

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*GP*CP*TP*AP*GP*CP*TP*A)-3')


分子量: 3044.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: CHEMICALLY SYNTHESIZED / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 多糖
beta-D-Olivopyranose-(1-3)-beta-D-Olivopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 278.299 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DOlib1-3DOlib1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[ad122m-1b_1-5]/1-1/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-2,6-deoxy-Glcp]{[(3+1)][b-D-2,6-deoxy-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖
2,6-dideoxy-3-C-methyl-beta-D-ribo-hexopyranose-(1-3)-2,6-dideoxy-beta-D-galactopyranose-(1-3)-beta- ...2,6-dideoxy-3-C-methyl-beta-D-ribo-hexopyranose-(1-3)-2,6-dideoxy-beta-D-galactopyranose-(1-3)-beta-D-Olivopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 422.468 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/3,3,2/[ad122m-1b_1-5][ad112m-1b_1-5][ad622m-1b_1-5_3*C]/1-2-3/a3-b1_b3-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-2,6-deoxy-Glcp]{[(3+1)][b-D-2-deoxy-Fucp]{[(3+1)][b-D-2,6-deoxy-Allp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-CRH / 1,2-HYDRO-1-OXY-3,4-HYDRO-3-(1-METHOXY-2-OXY-3,4-DIHYDROXYPENTYL)-8,9-DIHYROXY-7-METHYLANTHRACENE


分子量: 388.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H24O7

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: EACH MODEL CONTAINS FOUR MOLECULES OF MITHRAMYCIN (EACH WITH FORMULA C52 H75 O24, CHARGE -1) AND TWO MG++ CATIONS THAT COORDINATE TO TWO MITHRAMYCIN MOLECULES. IN THIS ENTRY MITHRAMYCIN IS ...Text: EACH MODEL CONTAINS FOUR MOLECULES OF MITHRAMYCIN (EACH WITH FORMULA C52 H75 O24, CHARGE -1) AND TWO MG++ CATIONS THAT COORDINATE TO TWO MITHRAMYCIN MOLECULES. IN THIS ENTRY MITHRAMYCIN IS PRESENTED AS HET GROUPS DDA-DDA-CHR- TSC. THE TSC RESIDUE IS COMPRISED OF THREE SACCHARIDE UNITS (DDA-DDL-MDA). THE HYDROPHILIC SIDE CHAIN AND THE A-B DISACCHARIDE OF MITHRAMYCIN MOLECULES ALONG WITH THE TERMINAL BASE PAIR IN THE DNA DUPLEX ARE NOT WELL DEFINED.

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
NMR software名称: X-PLOR / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: TWO STARTING STRUCTURES WERE OBTAINED BY MANUALLY DOCKING MITHRAMYCIN ON A FORM AND B FORM DNA. THESE WERE SUBSEQUENTLY REFINED BY DISTANCE-RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS USING A SET OF INTER- ...詳細: TWO STARTING STRUCTURES WERE OBTAINED BY MANUALLY DOCKING MITHRAMYCIN ON A FORM AND B FORM DNA. THESE WERE SUBSEQUENTLY REFINED BY DISTANCE-RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS USING A SET OF INTER-PROTON DISTANCES DERIVED FROM NMR DATA (40, 80, 120, 160, 250 MS NOESY EXPERIMENTS) AND DELTA DIHEDRAL ANGLES DERIVED FROM SIMULATION OF COSY CROSS PEAK PATTERNS. THE EIGHT DISTANCE RESTRAINED STRUCTURES WERE OBTAINED BY TAKING THE AVERAGE COORDINATES OF THE LAST 2.0 PS OF THE DYNAMICS DURING DISTANCE RESTRAINED DYNAMICS AND MINIMIZED. THE RMS DEVIATIONS FROM IDEAL GEOMETRY FOR THE EIGHT FINAL STRUCTURES ARE: BOND (ANG): MDL1 MDL2 MDL3 MDL4 MDL5 MDL6 MDL7 MDL8 0.009 0.009 0.009 0.008 0.009 0.009 0.009 0.009 ANGLE (DEG): MDL1 MDL2 MDL3 MDL4 MDL5 MDL6 MDL7 MDL8 2.627 2.630 2.631 2.636 2.621 2.638 2.664 2.652 IMPROPER(DEG): MDL1 MDL2 MDL3 MDL4 MDL5 MDL6 MDL7 MDL8 0.866 0.850 0.808 0.874 0.841 0.803 0.881 0.808
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 8 / 登録したコンフォーマーの数: 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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