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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zzn | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a group I intron/two exon complex that includes all catalytic metal ion ligands. | ||||||
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![]() | STRUCTURAL PROTEIN/RNA / RNA structure / ribozyme / self-splicing intron / Azoarcus / two-metal-ion mechanism / STRUCTURAL PROTEIN-RNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm ...U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stahley, M.R. / Strobel, S.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural evidence for a two-metal-ion mechanism of group I intron splicing. 著者: Stahley, M.R. / Strobel, S.A. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of a Self-Splicing Group I Intron with Both Exons 著者: Adams, P.L. / Stahley, M.R. / Kosek, A.B. / Wang, J. / Strobel, S.A. #2: ジャーナル: RNA / 年: 2004 タイトル: Crystal Structure of a group I intron splicing intermediate 著者: Adams, P.L. / Stahley, M.R. / Gill, M.L. / Kosek, A.B. / Wang, J. / Strobel, S.A. #3: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1981 タイトル: In vitro splicing of the ribosomal RNA precursor of tetrahymena: involvement of a guanosine nucleotide in the excision of intervening sequence 著者: Cech, T.R. / Zaug, A.J. / Grabowaski, P.J. #4: ![]() タイトル: Self-splicing intron in tRNA genes of widely divergent bacteria 著者: Reinhold-Hurek, B. / Shub, D.A. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE NUCLEOTIDES 1001B TO 1014B BELONG TO AN ENGINEERED U1A LOOP AND ARE INSERTED BETWEEN GUA- ...SEQUENCE NUCLEOTIDES 1001B TO 1014B BELONG TO AN ENGINEERED U1A LOOP AND ARE INSERTED BETWEEN GUA-107B AND CYT-112B. THERE ARE NO NUCLEOTIDES BETWEEN GUA-1B AND GUA-5B DUE TO A CLONING DESIGN. CHAINS B AND C ARE TWO PARTS OF THE ORIGINAL ONE INTRON SEQUENCE BECAUSE OF AN EXPERIMENTAL DESIGN. THE FIRST THREE RESIDUES IN U1A PROTEIN WERE MISSING IN THE STRUCTURE. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 164.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 119.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1u6bS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 BCD
#1: RNA鎖 | 分子量: 64057.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: RNA WAS IS TRANSCRIBED BY T7 RNA POLYMERASE. SEQUENCE FROM AZOARCUS GROUP I INTRON |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 7045.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: solid phase sythesis. Sequence from Azoarcus intron and exon sequence. |
#3: RNA鎖 | 分子量: 909.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: Solid phase synthesis. Sequence from Azoarcus group I intron 5'-exon sequence. |
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#4: タンパク質 | 分子量: 11340.315 Da / 分子数: 1 / Fragment: RRM 1 / Mutation: Y31H, Q36R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 3種, 60分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-MG / #6: 化合物 | ChemComp-K / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.8 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: MPD, sodium cacodylate, magnesium acetate, potassium chloride, cobalt heximine, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月29日 |
放射 | モノクロメーター: crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.37→50 Å / Num. all: 20658 / Num. obs: 20658 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 18.2 |
反射 シェル | 解像度: 3.37→3.49 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 71.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1U6B 解像度: 3.37→33.04 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 198973.33 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: CNS 詳細: Experimental phases from 1U6B structure were used followed by maximum likelihood refinement. Octahedral parameters for Mg2+ coordination were used to refine M1 and M2 in the final round of refinement only
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.0527796 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 100.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.37→33.04 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.37→3.58 Å / Rfactor Rfree error: 0.039 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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