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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zzg | ||||||
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タイトル | Crystal structure of hypothetical protein TT0462 from Thermus thermophilus HB8 | ||||||
![]() | glucose-6-phosphate isomerase | ||||||
![]() | ISOMERASE / Structural Genomics / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses | ||||||
機能・相同性 | ![]() glucose-6-phosphate isomerase / glucose-6-phosphate isomerase activity / gluconeogenesis / glycolytic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yamamoto, H. / Kunishima, N. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of hypothetical protein TT0462 from Thermus thermophilus HB8 著者: Yamamoto, H. / Kunishima, N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 183 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 146.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 434.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 440.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 36.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 56.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is a dimer in asymmetric unit. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46141.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: HB8 / プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.9 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.6 詳細: PEG 4000, 2-propanol, TRIS, sodium citrate, sodium chloride, pH 5.6, MICROBATCH, temperature 291K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.9→40 Å / Num. all: 74413 / Num. obs: 74115 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 28.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 19.1 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.581 / Mean I/σ(I) obs: 3.57 / Num. unique all: 7258 / Rsym value: 0.522 / % possible all: 98.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 67.4743 Å2 / ksol: 0.388801 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→10.54 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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