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- PDB-1zz3: Crystal structure of a HDAC-like protein with CypX bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zz3
タイトルCrystal structure of a HDAC-like protein with CypX bound
要素Histone deacetylase-like amidohydrolase
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / histone deacetylase activity / epigenetic regulation of gene expression / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Histone deacetylase domain / : / Arginase; Chain A / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-CYCLOPENTYL-N-HYDROXYPROPANAMIDE / : / Histone deacetylase-like amidohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Alcaligenaceae bacterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Nielsen, T.K. / Hildmann, C. / Dickmanns, A. / Schwienhorst, A. / Ficner, R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of a bacterial class 2 histone deacetylase homologue
著者: Nielsen, T.K. / Hildmann, C. / Dickmanns, A. / Schwienhorst, A. / Ficner, R.
履歴
登録2005年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone deacetylase-like amidohydrolase
B: Histone deacetylase-like amidohydrolase
C: Histone deacetylase-like amidohydrolase
D: Histone deacetylase-like amidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,90220
ポリマ－157,6984
非ポリマー1,20316
水23,2031288
1
A: Histone deacetylase-like amidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7255
ポリマ－39,4251
非ポリマー3014
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Histone deacetylase-like amidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7255
ポリマ－39,4251
非ポリマー3014
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Histone deacetylase-like amidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7255
ポリマ－39,4251
非ポリマー3014
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Histone deacetylase-like amidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7255
ポリマ－39,4251
非ポリマー3014
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Histone deacetylase-like amidohydrolase
D: Histone deacetylase-like amidohydrolase
ヘテロ分子

B: Histone deacetylase-like amidohydrolase
C: Histone deacetylase-like amidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,90220
ポリマ－157,6984
非ポリマー1,20316
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,y-1/2,-z1
Buried area15040 Å2
ΔGint-245 kcal/mol
Surface area42140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.098, 94.486, 122.632
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.27, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 2 - 368 / Label seq-ID: 2 - 368

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
詳細Protein is a monomer

-
要素

#1: タンパク質
Histone deacetylase-like amidohydrolase / HDAC-like amidohydrolase / HDAH


分子量: 39424.602 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alcaligenaceae bacterium (バクテリア)
株: FB188 / プラスミド: pQE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15
参照: UniProt: Q70I53, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: 化合物
ChemComp-3YP / 3-CYCLOPENTYL-N-HYDROXYPROPANAMIDE


分子量: 157.210 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO2
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: NaCl, Na-cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97848 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97848 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / % possible all: 72.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.76→44.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 2.122 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19116 7349 5 %RANDOM
Rwork0.15618 ---
obs0.15795 139270 97.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.739 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→44.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10988 0 56 1288 12332
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02111347
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4711.94715474
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.22851464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.45223.206496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.335151648
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0281582
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.21718
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.028844
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.26314
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.27806
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.21076
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.20.237
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2160.2135
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2420.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7371.57271
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.251211603
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.47834120
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6974.53871
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1468medium positional0.160.5
2B1468medium positional0.230.5
3C1468medium positional0.130.5
4D1468medium positional0.150.5
1A1244loose positional0.495
2B1244loose positional0.685
3C1244loose positional0.495
4D1244loose positional0.525
1A1468medium thermal1.582
2B1468medium thermal1.82
3C1468medium thermal1.552
4D1468medium thermal1.442
1A1244loose thermal2.1310
2B1244loose thermal2.4510
3C1244loose thermal2.1810
4D1244loose thermal1.9510
LS精密化 シェル解像度: 1.757→1.803 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 458 -
Rwork0.224 8614 -
obs--82.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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