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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zyf | ||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of a Supercoiling Responsive DNA Site | ||||||||||||||||||||
![]() | 5'-D(*![]() DNA / Supercoiling / Hix / recombinase / Hin | 機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) | ![]() 手法 | 溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics (XPLOR-NIH) | Model type details | minimized average | ![]() Bae, S.H. / Yun, S.H. / Sun, D. / Lim, H.M. / Choi, B.S. | ![]() ![]() タイトル: Structural and dynamic basis of a supercoiling-responsive DNA element 著者: Bae, S.H. / Yun, S.H. / Sun, D. / Lim, H.M. / Choi, B.S. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 383.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 320 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 308.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 441 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3662.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Solid-support Phosphoramidite Chemistry |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 |
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試料状態 | イオン強度: 10mM sodium phosphate, 100mM NaCl / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 295 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing, torsion angle dynamics (XPLOR-NIH) ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: minimized average structure | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry, structures with favorable non-bond energy, structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 26 |