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- PDB-1zyb: Crystal structure of transcription regulator from Bacteroides the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zyb
タイトルCrystal structure of transcription regulator from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 at 2.15 A resolution
要素transcription regulator, CRP family
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / np_813211.1 / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Jelly Rolls ...Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Transcription regulator, CRP family
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of transcription regulator from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 at 2.15 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2005年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: transcription regulator, CRP family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8548
ポリマ－27,2101
非ポリマー6457
水3,369187
1
A: transcription regulator, CRP family
ヘテロ分子

A: transcription regulator, CRP family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,70816
ポリマ－54,4192
非ポリマー1,28914
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_564x,x-y+1,-z-1/61
Buried area7830 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area22000 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)115.980, 115.980, 119.639
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-339-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 transcription regulator, CRP family


分子量: 27209.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
株: VPI-5482 / 遺伝子: np_813211.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 29349708, UniProt: Q89ZS6*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.86 %
結晶化温度: 273 K
詳細: 4.0M NaFormate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 273K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL1-5 / 波長: 0.979094, 0.918381
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月5日 / 詳細: Double-crystal monochromator (Si 111), toroid
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9790941
20.9183811
反射解像度: 2.1→29.91 Å / Num. obs: 28282 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsRsym value
2.1-2.1598.84.20.766120270.766
2.15-2.2110050.6491.219860.649
2.21-2.281006.30.6171.219510.617
2.28-2.351007.40.5171.519040.517
2.35-2.421007.30.4041.918230.404
2.42-2.511007.30.3152.417970.315
2.51-2.61007.30.2632.917240.263
2.6-2.711007.30.2043.716420.204
2.71-2.831007.30.1624.716030.162
2.83-2.971007.30.1236.115310.123
2.97-3.131007.20.0997.214670.099
3.13-3.321007.20.0857.913800.085
3.32-3.551007.20.0738.913110.073
3.55-3.831007.10.0649.412200.064
3.83-4.21007.10.05810.611330.058
4.2-4.710070.05211.210380.052
4.7-5.421006.90.04912.29360.049
5.42-6.641006.80.05210.37970.052
6.64-9.3999.86.40.03714.46370.037
9.39-29.91965.60.03216.33750.032

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT1.601データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.15→29.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 8.237 / SU ML: 0.111 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.146
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.7 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. THERE EXISTS A PARTIAL DISULFIDE BOND BETWEEN CYS 53 AND CYS 109.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 1332 5 %RANDOM
Rwork0.177 ---
all0.18 ---
obs-25047 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.566 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.33 Å2-0.66 Å20 Å2
2---1.33 Å20 Å2
3---1.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→29.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1863 0 42 187 2092
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222000
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021825
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4061.9662700
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.78134272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.565229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.44424.79698
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.98715369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.613158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2312
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022116
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02379
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.2377
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1730.21741
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1810.2945
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.21223
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.2142
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1790.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.240.2103
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2320.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.39531262
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5293462
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.22651914
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.6048897
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.47411786
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 97 -
Rwork0.229 1808 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -23.4662 Å / Origin y: 43.993 Å / Origin z: 1.7133 Å
111213212223313233
T-0.1211 Å2-0.0239 Å2-0.0332 Å2-0.0545 Å20.1586 Å2---0.0891 Å2
L1.3136 °20.9782 °2-0.5254 °2-1.6663 °2-0.1776 °2--0.2588 °2
S-0.0555 Å °-0.2061 Å °-0.0828 Å °0.1045 Å °0.0442 Å °0.0182 Å °-0.0197 Å °0.1377 Å °0.0114 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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