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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zxt | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of A Viral Chemokine | ||||||
要素 | functional macrophage inflammatory protein 1-alpha homolog | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / chemokine fold / greek key motif | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Human herpesvirus 8 (ヘルペスウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Luz, J.G. / Yu, M. / Su, Y. / Wu, Z. / Zhou, Z. / Sun, R. / Wilson, I.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005 タイトル: Crystal structure of viral macrophage inflammatory protein I encoded by Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus at 1.7A. 著者: Luz, J.G. / Yu, M. / Su, Y. / Wu, Z. / Zhou, Z. / Sun, R. / Wilson, I.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1zxt.cif.gz | 71.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1zxt.ent.gz | 54.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1zxt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/1zxt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/1zxt | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1cm9S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8675.064 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human herpesvirus 8 (ヘルペスウイルス) 属: Rhadinovirus / 細胞株 (発現宿主): sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q98158, UniProt: Q76RJ0*PLUS #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 1:1 10mg/ml protein: mother liquor (1.2M NaCl,0.1M NaOAc pH5.5, 22oC), vapor diffusion, sitting drops |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 1 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 28953 / % possible obs: 94.7 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 14.8 |
反射 シェル | 最高解像度: 1.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 89.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1CM9 解像度: 1.7→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. CNS is also used for refinement.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.97 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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