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- PDB-1zxq: THE CRYSTAL STRUCTURE OF ICAM-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zxq
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF ICAM-2
要素INTERCELLULAR ADHESION MOLECULE-2
キーワードCELL ADHESION / IMMUNOGLOBULIN FOLD / GLYCOPROTEIN / TRANSMEMBRANE
機能・相同性
機能・相同性情報


uropod / plasma membrane => GO:0005886 / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / microvillus / cleavage furrow / regulation of immune response / Integrin cell surface interactions / CD209 (DC-SIGN) signaling / extracellular matrix organization / cell-cell adhesion ...uropod / plasma membrane => GO:0005886 / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / microvillus / cleavage furrow / regulation of immune response / Integrin cell surface interactions / CD209 (DC-SIGN) signaling / extracellular matrix organization / cell-cell adhesion / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / integrin binding / cell adhesion / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Intercellular adhesion molecule 2 / Intercellular adhesion molecule / Intercellular adhesion molecule, N-terminal / Intercellular adhesion molecule (ICAM), N-terminal domain / Intercellular adhesion molecule/vascular cell adhesion molecule, N-terminal / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Intercellular adhesion molecule 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Casasnovas, J.M. / Springer, T.A. / Harrison, S.C. / Wang, J.-H.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of ICAM-2 reveals a distinctive integrin recognition surface.
著者: Casasnovas, J.M. / Springer, T.A. / Liu, J.H. / Harrison, S.C. / Wang, J.H.
履歴
登録1997年3月4日処理サイト: BNL
改定 1.01997年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INTERCELLULAR ADHESION MOLECULE-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9317
ポリマ－21,3841
非ポリマー2,5466
水2,558142
1
A: INTERCELLULAR ADHESION MOLECULE-2
ヘテロ分子

A: INTERCELLULAR ADHESION MOLECULE-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,86114
ポリマ－42,7692
非ポリマー5,09312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_757-x+2,y,-z+21
単位格子
Length a, b, c (Å)69.000, 63.700, 76.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.50, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 INTERCELLULAR ADHESION MOLECULE-2 / ICAM-2


分子量: 21384.320 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR REGION WITH THE TWO IG-LIKE DOMAINS / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE SIXTH INTERNATIONAL WORKSHOP ON HUMAN LEUKOCYTE DIFFERENTIATION ANTIGENS NUMBER CD102
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: HEMATOPOIETIC AND ENDOTHELIAL CELLS / 遺伝子: ICAM-2 / 器官: OVARY / プラスミド: PBJ5-GS/ICAM-2 / 細胞株 (発現宿主): CHINESE HAMSTER OVARY CELLS (CHO) / 遺伝子 (発現宿主): ICAM-2
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P13598
#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細INTERCELLULAR ADHESION MOLECULE 2 (ICAM-2) IS ONE OF THREE KNOWN MEMBERS OF ICAM SUBFAMILY OF ...INTERCELLULAR ADHESION MOLECULE 2 (ICAM-2) IS ONE OF THREE KNOWN MEMBERS OF ICAM SUBFAMILY OF ADHESION RECEPTORS (ICAM-1, -2, AND -3). IT BINDS TO THE INTEGRIN LYMPHOCYTE FUNCTION-ASSOCIATED ANTIGEN (LFA-1) AND MEDIATES ADHESIVE INTERACTIONS IMPORTANT FOR ANTIGEN-SPECIFIC IMMUNE RESPONSE, NK-CELL MEDIATED CLEARANCE, LYMPHOCYTE RECIRCULATION, AND OTHER CELLULAR INTERACTIONS IMPORTANT FOR IMMUNE RESPONSE AND SURVEILLANCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: CRYSTALS WERE BEST GROWN AT 4C USING THE HANGING-DROP VAPOR DIFFUSION METHOD, WITH A PROTEIN SOLUTION OF 15-17 MG/ML AND A CRYSTALLIZATION SOLUTION WITH 20% PEG 4000, 20 MM CACODYLATE BUFFER ...詳細: CRYSTALS WERE BEST GROWN AT 4C USING THE HANGING-DROP VAPOR DIFFUSION METHOD, WITH A PROTEIN SOLUTION OF 15-17 MG/ML AND A CRYSTALLIZATION SOLUTION WITH 20% PEG 4000, 20 MM CACODYLATE BUFFER PH 6.4, AND 25 MM B-OCTYL-GLUCOPYRANOSIDE., vapor diffusion - hanging drop, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115-17 mg/mlprotein1drop
220 %PEG40001reservoir
320 mMcacodylate1reservoir
425 mMbeta-octyl glucopyranoside1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年4月20日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→100 Å / Num. obs: 14277 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.141 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 68.8
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 68.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
CCP4データ削減
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
XDSデータ削減
CCP4データスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.2→15 Å / σ(F): 2
詳細: SOLVENT CORRECTION. ANISOTROPIC B-FACTOR CORRECTION APPLIED TO FO.
Rfactor%反射
Rfree0.295 10 %
Rwork0.226 -
obs0.226 88.3 %
原子変位パラメータBiso mean: 50 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.8 Å20 Å210.9 Å2
2--17.4 Å20 Å2
3---26.7 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1500 0 168 142 1810
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / Total num. of bins used: 8 /
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4 -8 %
Rwork0.478 924 -
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.478

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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