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- PDB-1zx4: Structure of ParB bound to DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zx4
タイトルStructure of ParB bound to DNA
要素
  • (parS-small DNA centromere site) x 2
  • Plasmid Partition par B protein
キーワードCELL CYCLE / partition / P1 / plasmid
機能・相同性
機能・相同性情報


ParB protein family, C-terminal / ParB family / ParB/RepB/Spo0J partition protein / ParB/Sulfiredoxin domain / ParB/Sulfiredoxin / ParB-like nuclease domain / ParB/Sulfiredoxin superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / DNA / DNA (> 10) / Chromosome (Plasmid) partitioning protein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage P1 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Schumacher, M.A. / Funnell, B.E.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2005
タイトル: Structures of ParB bound to DNA reveal mechanism of partition complex formation.
著者: Schumacher, M.A. / Funnell, B.E.
履歴
登録2005年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Structure summary / カテゴリ: struct_keywords
Item: _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
T: parS-small DNA centromere site
S: parS-small DNA centromere site
A: Plasmid Partition par B protein
B: Plasmid Partition par B protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1676
ポリマ－59,7834
非ポリマー3842
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)154.600, 154.600, 132.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Cell settinghexagonal
Space group name H-MP6222
詳細ParB(142-333) is a dimer

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要素

#1: DNA鎖 parS-small DNA centromere site


分子量: 7707.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: W-strand
#2: DNA鎖 parS-small DNA centromere site


分子量: 7649.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: C-strand
#3: タンパク質 Plasmid Partition par B protein / P1 ParB / ParB


分子量: 22212.584 Da / 分子数: 2 / Fragment: P1 ParB / Mutation: residues 142-333 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage P1 (ファージ)
属: P1-like viruses / 遺伝子: parb / プラスミド: pET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q38420
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: sodium citrate, imidazole, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1sodium citrate11
2imidazole12
3sodium citrate12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.006 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月23日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.006 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.98→65.9 Å / Num. all: 19627 / Num. obs: 18057 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.98→3.15 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 3000 / Rsym value: 0.44 / % possible all: 92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.98→50.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 3864998.15 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.296 2086 12.2 %RANDOM
Rwork0.248 ---
all0.2481 18057 --
obs0.2481 18001 94.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 125.7 Å2 / ksol: 0.444336 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 89.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.3 Å23.57 Å20 Å2
2--4.3 Å20 Å2
3----8.6 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.39 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.98→50.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2845 1019 26 7 3897
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.27
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.781.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.652
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.22
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it8.142.5
LS精密化 シェル解像度: 2.98→3.15 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 274 12.6 %
Rwork0.284 1902 -
obs--73.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5cit_xplor_par.txtcit_xplor_top.txt

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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