[日本語] English
万見
- PDB-1zx2: Crystal Structure of Yeast UBP3-associated Protein BRE5 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zx2
タイトルCrystal Structure of Yeast UBP3-associated Protein BRE5
要素UBP3-associated protein BRE5
キーワードSIGNALING PROTEIN / Ubp3 / deubiqutinate / NTF2
機能・相同性
機能・相同性情報


Ubp3-Bre5 deubiquitination complex / regulation of retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to ER / ribophagy / protein retention in Golgi apparatus / regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / negative regulation of mitophagy / protein deubiquitination / stress granule assembly / P-body / cytoplasmic stress granule ...Ubp3-Bre5 deubiquitination complex / regulation of retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to ER / ribophagy / protein retention in Golgi apparatus / regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / negative regulation of mitophagy / protein deubiquitination / stress granule assembly / P-body / cytoplasmic stress granule / mRNA binding / mitochondrion / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ras GTPase-activating protein-binding protein / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / Nuclear transport factor 2 domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain ...Ras GTPase-activating protein-binding protein / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / Nuclear transport factor 2 domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
UBP3-associated protein BRE5
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Li, K. / Zhao, K. / Ossareh-Nazari, B. / Da, G. / Dargemont, C. / Marmorstein, R.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structural basis for interaction between the Ubp3 deubiquitinating enzyme and its Bre5 cofactor
著者: Li, K. / Zhao, K. / Ossareh-Nazari, B. / Da, G. / Dargemont, C. / Marmorstein, R.
#1: ジャーナル: Nat.Cell Biol. / 年: 2003
タイトル: Ubp3 requires a cofactor, Bre5, to specifically de-ubiquitinate the COPII protein, Sec23
著者: Cohen, M. / Stutz, F. / Belgareh, N. / Haguenauer-Tsapis, R. / Dargemont, C.
履歴
登録2005年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: UBP3-associated protein BRE5
B: UBP3-associated protein BRE5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8972
ポリマ－33,8972
非ポリマー00
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2330 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area13000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.909, 90.909, 194.896
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
詳細The biological assembly is a dimer in the asymmetric unit.

-
要素

#1: タンパク質 UBP3-associated protein BRE5


分子量: 16948.256 Da / 分子数: 2 / 断片: NTF2-like domains (residues 1-146) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: BRE5 / プラスミド: pGEX4T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P53741
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: PEG 3350, Ammonium Sulfate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9795, 0.9794, 0.9500, 0.9790
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月12日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
20.97941
30.951
40.9791
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 28566 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 28.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.379 / Mean I/σ(I) obs: 8.7 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→79.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 2.883 / SU ML: 0.079 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21299 1445 5.1 %RANDOM
Rwork0.18833 ---
obs0.1896 27084 99.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.153 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7 Å2-0.35 Å20 Å2
2---0.7 Å20 Å2
3---1.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→79.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2101 0 0 146 2247
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0320.0222155
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.021908
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3961.9322914
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.64234438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.815256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2260.2330
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022354
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02478
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2440.2425
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2740.22097
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1040.21338
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1970.2112
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.6330.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.4210.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1920.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6241.51294
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.04622104
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0893861
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.6374.5810
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.097→2.152 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.271 116
Rwork0.187 1951
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8702-0.2836-0.35840.7485-0.11740.3314-0.01180.0305-0.1874-0.06910.01440.03770.0462-0.1388-0.00260.0133-0.02620.01530.14890.03040.0552-5.5883491.101
21.0731-0.2756-0.11850.68610.08520.94860.0504-0.0717-0.0814-0.0536-0.0712-0.00130.00510.04630.02080.02710.01880.01490.11160.04140.051616.69634.27690.75
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA0 - 1411 - 142
2X-RAY DIFFRACTION2BB2 - 1433 - 144

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る