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- PDB-1zws: Crystal structure of the catalytic domain of human DRP-1 kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zws
タイトルCrystal structure of the catalytic domain of human DRP-1 kinase
要素DAP-kinase related protein 1
キーワードTRANSFERASE / protein kinase / twinning
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of eosinophil chemotaxis / autophagosome lumen / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / neutrophil migration / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / positive regulation of neutrophil chemotaxis / anoikis / protein autophosphorylation / cytoplasmic vesicle / regulation of apoptotic process ...positive regulation of eosinophil chemotaxis / autophagosome lumen / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / neutrophil migration / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / positive regulation of neutrophil chemotaxis / anoikis / protein autophosphorylation / cytoplasmic vesicle / regulation of apoptotic process / calmodulin binding / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of autophagy / intracellular signal transduction / positive regulation of apoptotic process / protein serine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / Golgi apparatus / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Death-associated protein kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kursula, P. / Schunck, H. / Wilmanns, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the catalytic domain of human DRP-1 kinase
著者: Kursula, P. / Schunck, H. / Wilmanns, M.
履歴
登録2005年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DAP-kinase related protein 1
B: DAP-kinase related protein 1
C: DAP-kinase related protein 1
D: DAP-kinase related protein 1
E: DAP-kinase related protein 1
F: DAP-kinase related protein 1
G: DAP-kinase related protein 1
H: DAP-kinase related protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)264,7748
ポリマ－264,7748
非ポリマー00
水00
1
A: DAP-kinase related protein 1
B: DAP-kinase related protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,1942
ポリマ－66,1942
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: DAP-kinase related protein 1
D: DAP-kinase related protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,1942
ポリマ－66,1942
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: DAP-kinase related protein 1
F: DAP-kinase related protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,1942
ポリマ－66,1942
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: DAP-kinase related protein 1
H: DAP-kinase related protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,1942
ポリマ－66,1942
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.620, 211.830, 128.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.82, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
DAP-kinase related protein 1


分子量: 33096.770 Da / 分子数: 8 / 断片: catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pDEST-15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9UIK4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.7 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Tris, PEG, magnesium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.095 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.095 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→20 Å / Num. all: 55013 / Num. obs: 55013 / % possible obs: 90.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 48 Å2 / Rsym value: 0.115 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 1.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 4903 / Rsym value: 0.503 / % possible all: 84.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1sxo

1sxo
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.9→20 Å / σ(F): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The crystal form is perfectly twinned with the operator -h,-k,h+l, twinning fraction = 0.5
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2576 937 -The test reflections were randomly selected, based on the twinning operator
Rwork0.2204 ---
all-55013 --
obs-55013 90.8 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18024 0 0 0 18024
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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