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- PDB-1zvv: Crystal structure of a ccpa-crh-dna complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zvv
タイトルCrystal structure of a ccpa-crh-dna complex
要素
  • DNA recognition strand CRE
  • Glucose-resistance amylase regulator
  • HPr-like protein crh
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / ccpa / crh / dna / complex / lacI member / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / DNA-binding transcription repressor activity / DNA-binding transcription activator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Catabolite control protein A / Phosphotransferase system, HPr serine phosphorylation site / HPr-like / Phosphocarrier protein HPr-like / HPr-like superfamily / : / PTS HPr component phosphorylation site / PTS HPR domain profile. / Histidine-containing Protein; Chain: A; / PTS HPR domain serine phosphorylation site signature. ...Catabolite control protein A / Phosphotransferase system, HPr serine phosphorylation site / HPr-like / Phosphocarrier protein HPr-like / HPr-like superfamily / : / PTS HPr component phosphorylation site / PTS HPR domain profile. / Histidine-containing Protein; Chain: A; / PTS HPR domain serine phosphorylation site signature. / LacI-type HTH domain signature. / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / lambda repressor-like DNA-binding domains / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / DNA / DNA (> 10) / HPr-like protein Crh / Catabolite control protein A / Catabolite control protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Schumacher, M.A. / Brennan, R.G. / Hillen, W. / Seidel, G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Phosphoprotein Crh-Ser46-P displays altered binding to CcpA to effect carbon catabolite regulation.
著者: Schumacher, M.A. / Seidel, G. / Hillen, W. / Brennan, R.G.
履歴
登録2005年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年8月22日Group: Other
改定 1.42017年1月11日Group: Other
改定 1.52023年2月22日Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: database_2 / pdbx_entity_src_syn ...database_2 / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.72024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
O: DNA recognition strand CRE
T: DNA recognition strand CRE
R: DNA recognition strand CRE
A: Glucose-resistance amylase regulator
W: HPr-like protein crh
B: Glucose-resistance amylase regulator
P: HPr-like protein crh
G: Glucose-resistance amylase regulator
J: HPr-like protein crh
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,50920
ポリマ－153,1139
非ポリマー1,39611
水82946
1
O: DNA recognition strand CRE
A: Glucose-resistance amylase regulator
W: HPr-like protein crh
ヘテロ分子

O: DNA recognition strand CRE
A: Glucose-resistance amylase regulator
W: HPr-like protein crh
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,34416
ポリマ－102,0756
非ポリマー1,26910
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area14040 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area37370 Å2
手法PISA
2
T: DNA recognition strand CRE
B: Glucose-resistance amylase regulator
P: HPr-like protein crh
ヘテロ分子

R: DNA recognition strand CRE
G: Glucose-resistance amylase regulator
J: HPr-like protein crh
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,83712
ポリマ－102,0756
非ポリマー7616
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_445x-1/2,y-1/2,z1
Buried area13230 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area37640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.690, 158.100, 125.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.73, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121

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要素

#1: DNA鎖 DNA recognition strand CRE


分子量: 4907.206 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質 Glucose-resistance amylase regulator / ccpa / Catabolite control protein A


分子量: 36671.625 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: ccpA / プラスミド: pet / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P46828, UniProt: P25144*PLUS
#3: タンパク質 HPr-like protein crh / crh / Catabolite repression HPr


分子量: 9458.728 Da / 分子数: 3 / Mutation: phosphorylated at Ser46 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: crh / プラスミド: pet / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O06976
#4: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 3350, sodium iodide, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 335011
2PEG 335012
3NaI12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.998 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月23日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.98→79.1 Å / Num. all: 32560 / Num. obs: 32545 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 0.1 Å2 / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2.98→3.12 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.492 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 4128 / % possible all: 92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
EPMR位相決定
CNS1.1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RZR

1rzr


解像度: 2.98→79.05 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1931353.6 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.298 2450 8 %RANDOM
Rwork0.235 ---
obs0.235 30499 93.2 %-
all-30499 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 30.9262 Å2 / ksol: 0.269566 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 67.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.22 Å20 Å20.36 Å2
2--7.49 Å20 Å2
3----20.72 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.55 Å0.42 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.81 Å0.7 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.98→79.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9626 978 11 46 10661
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.02
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.71.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.552
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.652
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.742.5
LS精密化 シェル解像度: 2.98→3.17 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.447 386 7.8 %
Rwork0.403 4570 -
obs--91.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep-NEWSEP.paramprotein-NEWSEP.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4dna-rna_rep.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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